河姆渡遗址博物馆紧邻河姆渡遗址西侧，于1993年5月落成开放，主体建筑面积3200平方米，由6幢建筑组成，单体之间用连廊相接。

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河姆渡遗址博物馆建筑造型根据河姆渡7000年前“干栏式”建筑风格，“长脊、短檐、高床”的特点而设计，构筑出高于地面的架空层，人字形坡屋面上耸起5－7组交错构件，象征着7000年前榫卯木作技术，再配以土红色波纹陶瓦、炒米黄毛面墙砖，显得古朴、野趣，与河姆渡文化融为一体。

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序厅屋面形似展翅翱翔的鲲鹏，表现了河姆渡先民爱鸟、崇鸟的文化习俗。博物馆内设 3个基本陈列厅和1个临时展厅，共展出文物400余件。在众多艺术品中，尤以象牙雕刻件最为珍贵，其中就有作为遗址标志的“双鸟朝阳”蝶形器。

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第一展厅以序言、照片、图表、模型、文物，概括地介绍了河姆渡文化的基本情况。第二展厅“稻作经济”，反映稻作农业及渔猎采集活动。第三展厅反映河姆渡人定居生活和原始艺术两个内容，陈列着被称为是建筑史上奇迹的带有榫卯的干栏式建筑木构件和加工工具。

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