后，市政府提出了修复教堂的要求，2005年灯具公司迁出，教堂腾空。在中科院郑时龄院士推荐下，最终交由同济大学建筑系常青教授负责此项工作。在修复设计中，不想新天安堂又遭遇“灭顶之灾”，2007年1月24日凌晨，新天安堂突遇大火，将建筑物烧得面目全非。此后两年，新天安堂残存的“躯体”外被安装了脚手架。有一天，脚手架被撤去，新天安堂“神秘失踪了”。 

后来，新天安堂修复工程的负责人澄清，这座建筑没有消失，正在“落架大修”。什么是“落架大修”？负责人解释：先用人工的方法，小心翼翼地把新天安堂原有的建筑材料一件一件拆卸下来，包括砖、砖拱、木料等，全部编号存放，复建时全部使用再“装配”起来，从而最大限度地保留建筑的历史元素。为此，专门到外地采购百余年历史的木梁、青砖，使之与这座教堂的百年历史相匹配。

但也有不少建筑专家提出质疑，所谓的“落架大修”实际上属于重建，完工后的新天安堂已经不可能再是一幢原汁原味的历史建筑，它只是一个复制品。同济大学建筑系教授常青说，按建筑学的常识，只有木质结构的建筑可以“落架大修”，砖木结构的建筑拆了就再也装不起来了。

墙体上有许多不同形状的窗户，有排窗、柳叶窗和玫瑰窗,都配上了彩色玻璃。

在一个多世纪里，这座滨水教堂历经磨难，继续站在热闹的外滩，仿佛还在静静等待乘船而来的人们。

如今的教堂除了举办展览会和音乐会，平时并不开放。

2010年10月20日至12月20日《时·地·戏：中印当代艺术展》在新天安堂和原教会公寓展出，游人得以进入刚建成的教堂。

所谓的《时·地·戏：中印当代艺术展》只有两件展品。