这段时间女医明妃传热播，在宫中皇家药房则是御药房。朱元璋吴王元年（1364年），曾经依元朝旧制设立尚药局，其负责官员奉御是正六品，管理御用药物。明朝开国后，洪武六年（1373年）改设御药局 于内府，御药局的奉御等官员均由内官、内侍充任。嘉靖十五年（1536年）之前，称御药局或御药房，此后将御药房改称圣济殿，并且附设御药库（亦即生药库）。明朝以御药局（圣济殿）直接管理宫廷中的药物，和太医院相互配合。御药局（圣济殿）掌管御用药品，其官员不少是由太医院的御医兼任，御药局（圣济殿）的医官和太医院的医官互为表里，从而加强了对医药工作的统一领导。
      清朝乾隆年间，在北京故宫东华门内的文华殿后，将明朝圣济殿旧址进行改造，新建了一座文渊阁。这座文渊阁是清朝皇家藏书楼，于乾隆四十一年（1776年）建成。事实上乾隆三十八年（1773年），乾隆帝就下诏开设四库全书馆，编纂《四库全书》。乾隆三十九年（1774年）下诏兴建藏书楼，命在文华殿后规度适宜方位，兴建文渊阁，用来专贮《四库全书》。乾隆四十一年（1776年）文渊阁建成后，乾隆帝每年在文渊阁举办经筵。乾隆四十七年（1728年）《四库全书》完成时，乾隆帝在文渊阁设宴赏赐编纂《四库全书》的各级官员以及参加编纂的人员。
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     文渊阁坐北朝南，仿照浙江宁波范氏天一阁构建。楼上为一整间，楼下则分为六间，取“天一生水，地六承之”的意境，意在防火。乾隆三十九年（1774年）乾隆帝作《文渊阁记》称：“阁之制一如范氏天一阁”。

    文渊阁外观为上、下两层，腰檐处设暗层，面阔六间，西尽间设有楼梯。两山墙的青砖砌筑至屋顶。顶覆黑琉璃瓦，绿琉璃瓦剪边，在五行理论中，黑色主水，以水克火，从而可保藏书楼免受火灾。文渊阁前廊设有回纹栏杆，檐下倒挂楣子，绿色檐柱，苏式彩画。文渊阁前开凿一方池，引内金水河水流入该方池，池上中央架有一座石桥，石桥及方池四周的栏板雕有水生动物图案。文渊阁后采用太湖石堆砌成假山，形如屏障，其间种植松柏。文渊阁一层正中朝南设宝座，上方朝南悬挂“汇流澂鉴”匾（乾隆帝题），两旁对联为“壁府古含今藉以学资主敬，纶扉名副实讵惟目仿崇文”（乾隆帝题）。
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文渊阁东侧有一座碑亭，盔顶黄琉璃瓦，亭内立有一通石碑，正面刻有乾隆帝撰写的《文渊阁记》，背面刻有文渊阁赐宴御制诗。
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《四库全书》及《钦定古今图书集成》入藏文渊阁，按照经、史、子、集四部分架安置。以经部儒家经典为首共计22架与《四库全书总目考证》、《钦定古今图书 集成》放置在文渊阁一层，并且在一层中间设皇帝宝座，作为讲经筵之处。文渊阁二层中三间和一层相通，周围设有楼板，放置书架，放有史部书33架。文渊阁二 层是暗层，光线非常微弱，只可藏书，不便在此阅览。文渊阁三层除了西尽间是楼梯间以外，其余五间相互通连，每间依照前后柱位排列书架间隔，显得十分宽敞明 亮。子部书22架、集部书28架存放在三层，明间设有御榻，以备皇帝随时可来此阅览。乾隆帝曾作诗曰：“丙申高阁秩干歌，今喜书成邺架罗，……。”清宫规 定，大臣官员中若有嗜古书、勤学习者，经过允许可到文渊阁内阅览书籍，但是不得损坏书籍，且严禁携书籍出文渊阁。
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《四库全书》编成以后，最初用六年抄录正本四部，除了一部收藏在文渊阁以外，其余三部分别收藏在文源阁（位于北京圆明园）、文津阁（位于承德避暑山庄）、文溯阁（位于沈阳故宫），这四阁又称“北四阁”，也称“内廷四阁”。后来又抄录三部收藏在文宗阁、文汇阁、文澜阁，称为“南三阁”。 这七部《四库全书》或已经亡失，或被各图书馆收藏。文渊阁版《四库全书》现收藏在台北故宫。
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1932年，故宫博物院委托梁思成、刘敦桢维修文渊阁。此后七十多年未有任何修缮。 自2013年4月29日起，文渊阁对外开放，以原状陈列，但观众不能进入室内参观。
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