学院原来是13世纪时修建的剑桥圣约翰医院，到16世纪初时医院已经破旧不堪。罗彻斯特主教约翰·费舍尔（John Fisher）于是向亨利七世的母亲、剑桥大学基督学院的创办人玛格丽特·博福特女士建议在医院的原址上兴建一所新的学院，获得其允诺。1509年博福特在学院的蓝图还未规划好之前就去世了，费舍尔之后又花了2年时间才取得国王和大主教对学院的支持，并最终于1511年4月9日创办了这所圣约翰学院。

第二庭院通往第三庭院的门洞

剑桥大学所有的桥中，位于圣约翰学院的叹息桥名气最大，该桥连接了老庭和新庭。

位于剑河的新庭是一组建筑群，它的前面是个大草坪，后面是现代化的克里普斯大楼。

新庭门洞