Mega, DNAsp, arlequin

可选：notepad（可用记事本代替）

用mega打开.fas格式的序列，进行比对(muscle)。完成后，在mega比对结果页面data->export alignment->fasta format，把结果另存到一个地方（另存的地方，所有路径名最好没有中文也没有空格。

打开DNAsp，file->open data file，

对序列进行分组：data->define sequence sets，在新出现的页面：

在左侧选中序列，点向右的>>把序列添加到右侧。

对于每一个居群，把它所有的序列都挑到右侧之后，点add new sequence set，在新弹出的窗口输入居群名。

所有居群都定义好了之后，点击updata all entries, 然后关闭窗口。

然后file->save/export data file as->arlequin format, 最后会存两个文件，一个.hap格式，一个.arp格式。

DNAsp生成的.arp文件格式有问题，arlequin不一定识别，可能和版本有关，因此需要自己生成.arp模版并填写。

3.1 生成新工程的.arp文件的模板

打开arlequin, 在标签页project wizard里，点browse，在弹出窗口中输入一个新的project的名字(.arp格式）。

在下面进行一些设置。对于数据包括若干地区、每个地区若干居群的线粒体DNA，datatype选DNA，勾上genotypic data，No. of samples为居群的总数。点击create project，即可在刚才browse的地方找到新的文件。

3.2 把DNAsp生成的东西填进.arp模板

用notepad打开刚arlequin才生成的.arp模板、DNAsp生成的.hap文件和DNAsp生成的.arp文件。

3.2.1 在：

这一段，把中括号中间的东西替换成.hap文件里的东西，去掉所有的#号。

3.2.2 把模板的[[Samples]]后面的东西，全部换成DNAsp生成的.arp文件中[[Samples]]后面的东西。

保存文件。

3.3 在arlequin里设置分组

在arlequin里，open project->选择刚才手动制作的.arp文件，打开。

此时，在project标签下，应该能看到列出的居群名。看到不就说明刚才的文件没写好。

切换到structor editor标签，在每个prolation前面，双击group对应的空白，填写所属的group名（该居群所属的地理分区）。全改完后，一定点击下面的update project。

group填写好update之后，在project标签下，除了居群名，还会看到分组情况。

接上面。在settings标签页下，把要做的分析都勾上（例如amova），点击右上角的“Start”按钮，等待分析完成（amova很快）。完成后，在刚才制作的.arp文件夹下，有对应名称的.res结尾的文件夹。一堆结果文件都在这里。一般，这里直接用notepad查看.xml文件即可，所有结果都在这里。

之后如果还要再进行别的分析的话，再次点击"start“，所有的结果会被追加到这个.xml文件末尾。

例如AMOVA的结果：