(2019-10-20 11:43)
简易的arlequin进行DNA序列的Amova分析教程
需要软件：
Mega, DNAsp, arlequin
可选：notepad（可用记事本代替）
1，序列比对
用mega打开.fas格式的序列，进行比对(muscle)。完成后，在mega比对结果页面data->export
alignment->fasta format，把结果另存到一个地方（另存的地方，所有路径名最好没有中文也没有空格。
2，haptype的提取
打开DNAsp，file->open data file，
对序列进行分组：data->define sequence sets，在新出现的页面：
在左侧选中序
Simple:
数据->分析->数据分析
在数据标签页里面，最右端三项，分别是预测、分级显示、分析
如果找不到分析，就是没有添加加载项。处理方法：
右击标签栏空白位置->自定义功能区，在主选项卡里勾选“加载项”和“开发者工具”，确定。在“开发工具”标签页下，点“Excel加载项”，
勾选“分析工具库”，确定。然后，在“数据” 标签页下就能找到“分析”了。
之后，各种分析的做法与之前的版本无太大不同。
果蝇的伴性遗传实验如何进行统计检验（卡方检验）
Abs：
果蝇伴性遗传实验是最经典的遗传学教学实验，而卡方检验又是其中最常见的检验方法。然而，在伴性遗传实验中，常常出现某一类型的果蝇理论值为零的情况，此时卡方检验是不适用的!
理由：
例如某种杂交，F2代中白眼雌蝇理论值为0（这样在卡方的公式里，有些项会把0当作分母，出现错误）：
（一），如果实际值也为0，则出问题项变成了“零除以零”，研究者在处理时常常直接忽略这一项，计算卡方时不包括在内。这样做其实会导致自由度不准确。如果直接忽略这一项，则自由度应减1（严格说来，直接忽略这一项是没有道理的）。
（二），而如果实际值不为0，则出问题项变成了“非零数除以零”。实际上，如果把“白眼雌蝇的数目”的理论分布画出来，那就是在零点一条竖直的直线（而非常见的有一定范围的分布）。显然
(2018-03-25 16:57)
通过修改计算参数，加快beast计算分化时间(dating)的速度
在使用beast计算复杂的系统树（starbeast算多基因树），并进行dating时，常常碰到各参数迟迟无法收敛的问题。
例：通过7个基因，计算几十个样本之间的系统树，并通过两个化石点进行dating。进行了2亿次迭代，每隔1000代记录一次，得到约20万棵树。treeAnotator得到一致树后，发现各节点的时间远远小于标定的化石点时间(只有正确时间的十分之一左右)。
尝试用tracer查看日志，结果日志文件过大，无法打开（似乎tracer占用的内存不能超过约1024G）。改用R语言查看日志，绘制所有样本最近共祖时间，如下：
(2017-10-29 21:10)
综述：
SDMtoolbox是一款arcgis的插件，里面包含了许多函数，可以与maxent或其他生态位建模的软件配套使用。
其实，其中多数功能，包括数据的预处理等，arcgis原本就可以比较轻松地完成。SDMtoolbox可以根据根据已有的生态位建模的结果来推断不同分布样点之间的连接性，从而推断迁移的具体路线（另外还有一大堆其他的功能）。
对应文献：
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|
Brown J L. SDMtoolbox: a
python‐based GIS toolkit for landscape genetic, biogeographic and
speci
|
使用R语言来查看并修改tiff格式地理信息图层中的数据
补充：在arcmap里，用计算器或python应该也可以做到。然而我不会！
准备工作：
安装相应R包：
正常的Rgui。用Rstudio更舒服。
install.packages('raster')
install.packages('rgdal')
注意：不可以用“rtiff”，那个是为了普通tiff照片准备的。
打开工作环境：
载入上述R包
library('raster')
library('rgdal')
设置工作文件夹：
setwd(choose.dir())
查看tiff文件的基本信息：
读入tiff文件。运行代码，在弹出的窗口中选择要读入的ti
(2017-03-16 12:27)
百岁兰Welwitschia
mirabilis的播种及育苗教程
PART 1:
译自
files.buyitsellit.com/26768/Welwitschia mirabilis from
Seed
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