SDMtoolbox是一款arcgis的插件，里面包含了许多函数，可以与maxent或其他生态位建模的软件配套使用。

其实，其中多数功能，包括数据的预处理等，arcgis原本就可以比较轻松地完成。SDMtoolbox可以根据根据已有的生态位建模的结果来推断不同分布样点之间的连接性，从而推断迁移的具体路线（另外还有一大堆其他的功能）。

对应文献：

Brown J L. SDMtoolbox: a python‐based GIS toolkit for landscape genetic, biogeographic and species distribution model analyses[J]. Methods in Ecology and Evolution, 2014, 5(7): 694-700.

准备工作：

1，maxent处理得到的结果图层。对于当前分布预测的结果文件夹里，最大的.asc文件是预测结果的图层。如果是基于当前分布对另一个时间段分布进行预测的结果，文件夹里会有两个.asc文件，一个是当前分布的图层，一个是另一时间段分布的图层。

2，需要计算彼此连通性的若干个点。

3，arcgis 10.1或10.2（版本高了低了都不好）。下载安装SDMtoolbox. 下载地址：

打开arcmap，自定义->扩展模块，确保spatial analyst 是勾上的。

地理处理->ArcToolBox，右击toolbox的空白处，添加工具箱。文件夹连接到放有下载SDMtoolbox的地方，进入，打开即可。成功后，在ArcToolBox里，可以看到SDMtoolbox。

工作流程：

1，生成阻力图层。预测图层每个点的数值理解成分布的概率（0-1），用1减去它就可以得到分布的阻力图层。具体操作：导入预测图层。地理处理->ArcToolBox->Spatial analyst->数学分析->减，第一个地方输入常数“1”，第二个地方选择预测的分布图层。然后，设置一下输出图层文件名即可。

2，导入要计算连通性的样点。

编辑样点的txt文件如下图：

包括样点ID、经度、纬度、所属的Haplotype。最终作图时，是计算相同的Hap之间的路径。列名随意，自己能看懂就行。导入后，右击->显示xy数据，经度为x轴，纬度为y轴。看一下样点在背景地图上显示的位置对不对。

3，计算。ArcToolbox->SDM Toolbox ->Landscape Connectivity->Genetic->Shared Haplotypes->Calculate LEast-Cost corridor，Input Points选择要连接的样点，然后选择Haptotype的列名和ID的列名，Input Friction Layer选择阻力图层，设置一下输出的名字，然后把Create Least-Cost-Path Lines勾上。输出类型什么都行，个人喜欢tif格式。

计算过程可能很漫长。计算时，最好开着windows的任务管理器，观察占用CPU的情况。如果CPU掉到了0保持不动，或是直接卡死，可能是因为数据太多太大。可以减少所用的点，或者把图层的分辨率降低一点。

4，得到结果：

如果自定义的输出名称为xyz，那么会得到xyz_LCPs，xyz_Linedensity，xyz_dispersal-Network三个结果图层，按需要制图即可。样点与路径、线密度放在一起，再加上灰度的地形背景效果如下图所示：