pET28载体具有T7噬菌体的启动子和终止子，因此不需要额外添加启动子，除非你做多启动子。你的ATG前可具有若干碱基，也可以没有，并且可以不符合读码框。因为启动子后区域到终止子都是被转录的，而阅读框只是在对翻译过程有影响。但ATG前插入序列不宜过长，以免影响启动子效率。a\b\c型号载体读码框位置不同，购买的时候请注意。

用pet-28a载体的原核表达出来的蛋白在破菌前肯定会出现在菌体沉淀中，不会分泌在培养基上清中的。至于破菌以后，表达出来的在沉淀中还是在上清中，要由目标蛋白的性质来定了，没有固定形式的。
至于是否是包涵体，主要也是由目的蛋白的性质与表达量来决定的，pet-28a这种载体没有本身溶解性高的多肽融合蛋白，也没有催化二硫键形成的酶融合蛋白，而且不含信号肽序列，所以同一种蛋白用这个载体，形成包涵体的可能性更大些。

相对其他生物细胞而言，大肠杆菌的蛋白分泌机制并不健全。外源生物基因，特别是外源真核生物基因很难在大肠杆菌中进行分泌型表达，少数的外源基因即便能分泌表达，其表达率通常也比包涵体方式低得多。
蛋白产物N端信号肽序列是蛋白质分泌的前提条件，如果楼主用pet-28a载体表达的外源基因的5'端不带有信号肽序列的话，将如eastrocket战友所言，表达出来的蛋白在破菌前肯定会出现在菌体沉淀中，但异源蛋白在原核细胞中的定位可能会有两种情况，可能是以可溶性存在或不可溶性（包涵体）存在于细胞质中，这主要取决于的异源蛋白的性质和表达量。