先说个流传很广的笑话。

话说有一天，各个修会的神父在一座教堂里一起做晚祷，这时灯灭了。结果本笃会修士们仿佛根本没看见一样，他们按照记忆继续唱祷，一个词都没有错。方济各会修士们表示很淡定，他们拿出吉他，创作了一首赞歌感谢天主赐予的黑暗姐妹。多明我会的修士们呢，他们开始讨论光对于神圣知识的重要媒介作用。圣衣会的修士们则沉入了一种缓慢的，有节奏的呼吸和冥思中。只有耶稣会的修士们比较特别，他们提出灯突然灭了是不是代表可以从此取消晚祷。

这个笑话代表了两层意思。一层意思是耶稣会的修士们想法比较大胆，知变通，另一层意思就是耶稣会大概跟别的会关系不太好，经常被黑。

实际上也是这样。其他的几个会基本上都是中世纪创建的隐修组织，只有耶稣会是文艺复兴后为了对付新教运动成立的外向型组织，军事化管理，组织严密，不仅需要很多年的学习才能合格，除了神学知识外，还要掌握相当的哲学和科学知识，而且基本上都要派到世界各地传教——在那个年月基本上是九死一生，所以富人们基本上都不太愿意自己的孩子进这个会，这也是为什么利玛窦的父亲不希望儿子进耶稣会的重要原因吧。而且也因为耶稣会如此地与众不同，所以让其他的会，还有各国国王不太高兴。信新教和东正教的当然不会有好感——毕竟是对头嘛，天主教的国王也未必喜欢，谁会喜欢自己国家有一个自己不能掌控的军事化组织啊。所以耶稣会成立不过两百年就被禁了，直到近代教廷都没什么人理会了才再次开禁。

耶稣会在中国传教的时候，也碰到了类似的麻烦事，这主要是因为利玛窦对天主教的两个变通引起。哪两个变通？一个是中国的天主教徒可以祭祖、祭孔，另一个是把造物主翻译成“天主”、“主”或“上帝”。当时耶稣会里另有以龙华民为首的一派认为应该反对教徒祭祖、祭孔这种基督教明确反对的偶像崇拜，而造物主则应该根据拉丁文发音翻译成陡斯。意见不统一，就开会讨论，最后一致认为不应该把祭祖、祭孔当成偶像崇拜，祭祖与摩西十诫的“当孝敬父母”是一回事。

不过其他的什么会就不会这么友好啦。崇祯五年，方济各会士利安当和多明我会士黎玉范到福建传教，他们发现当地祭祖和葬礼风俗非常严重，他们为耶稣会的艾儒略神父允许中国教友进祠堂、入孔庙祭拜震惊不已。所以十一年后，黎玉范回罗马后，就向教皇呈递了十七项针对耶稣会的指控。罗马教廷显然也没有想到有这种事，天主教当时在四大洲都在传教，什么时候能允许别人公然进行偶像崇拜啊？又在什么时候会把造物主翻译成当地的传统神明啊？所以就禁止用“上帝”称呼造物主、禁止中国教徒祭祖祭孔。耶稣会当然也不甘失败，又委派卫匡国专程赶赴罗马，向教廷圣职部提交报告，其时已是顺治八年。而教宗亚历山大七世还算比较灵活，他在顺治十三年颁令，中国礼仪纯属文化活动，不是偶像崇拜，只要不违反天主教基本信仰，中国教徒可以按照自己的意愿决定是否参加祭孔祀祖的活动，可以和非基督教徒一同参加祭祀亡灵的活动，甚至可以在有迷信成分的仪式中参加助祭，只要他声明自己的信仰。

其后没几年就是鳌拜执政，然后就是康熙五年的历狱，传教士们被软禁在广州。当此危难之际，哪怕是平时斗得再厉害，也只得同舟共济啦，所以他们当时就召开了一个“广州会议”，就涉及中国教务的几十个问题都作出决议，遵守教宗顺治十三年的命令。这个决议除了方济各会的利安当和另外一名传教士外，所有与会者都在决议上签名表示同意。

但是好景不长，也许是康熙亲政之后为历狱平反了吧，在广州会议上签名同意的多明我会会长闵明我，没多久就潜往欧洲，指责中国礼仪为异端，攻击耶稣会士容忍中国礼仪的立场，再次挑起礼仪之争。

情况在康熙三十一年发生了重要变化。那年康熙放开限制，允许天主教自由传教，教廷预计中国的天主教将有一个大的发展。这个预测是合理的，因为仅仅几年之后，中国的天主教徒就发展到了三十万人。教廷在这个预测的基础上把中国分成十二个教区，有三个主教区和九个宗座代牧区，以方便加强管理。这个也没问题，有问题的是他们以为三十万教徒就很多了，可以与中国政府扳扳手腕啦，却不知三十万人不过中国人口的千分之一。

这么跟你说吧，从康熙三十二年就有巴黎外方传教会颁布牧函，严禁中国礼仪。后来，尽管耶稣会专门到法国，还有罗马为中国传教政策申述和辩解，欧洲的各修会，巴黎的神学家都一致反对耶稣会。甚至耶稣会还把这事捅到康熙那里，得到康熙的支持——“敬天及事君亲敬师长者，系天下通义，这就是无可改处”——也没有用。

到了康熙四十三年，冲突进一步升级，教皇克雷芒十一世批准圣职部决议，严禁中国教徒行中国礼仪并派多罗主教为特使，到中国来执行教令。康熙当然不会由着他们，就要求在中国的传教士必向内务府申请印票，写明不回欧洲，凡是拒绝领票者一律驱逐出境，意思就是中国的天主教不能受罗马教廷控制。教皇当然也不示弱，再次重申禁令，要求所有在华传教士和神职人员在巡视员、宗座代牧或者主教面前宣誓坚决遵守。康熙自然是震怒，决定在中国全面禁止天主教，“西洋人等小人，如何言得中国人之大理……以后不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事”。

事情发展到这一步，就是耶稣会的神父们也是没有办法啦，但就此离开中国又不甘心。要知道，他们从前明万历年间来到中国，前后一百多年，发展到现在几十万教徒容易吗？他们就做了最后一博，那就是参与九子夺嫡，支持了太子允礽一党，以及当时声势最大的、对天主教颇有好感的八阿哥一派。但谁知道，就是这最后一博却也让天主教遭受了真正的致命之灾。

谁知道，最后上位的既非二阿哥或八阿哥，也不是与八阿哥交好的九阿哥或十阿哥，而是与喇嘛教关系密切、对佛教感情很深的四阿哥。四阿哥连辟佛的理学都说人家是假理学，何况是公然“斥佛”的天主教，又何况是跟八阿哥和九阿哥勾搭的洋人呢？所以雍正即位第一年，便对天主教赶尽杀绝。之前康熙虽然禁教，毕竟与耶稣会的传教士们交情深厚，所以执行力度上到底是有折扣的，悄悄传个教总是问题不大。现在雍正呢，传教士除了留几个修修历法之外全部赶走，教堂全拆了或改作他用。

雍正的禁教可以说让天主教和西学在中国从此烟销云散，直到很多年后，一场为鸦片进行的战争到来。

那么，在西方的宗教和科学在中国短暂盛行，又忽然消失之时，中国的传统学术又发生了什么变化呢？