因为先心病病理解剖类型、病情轻重及年龄不一，所应用介入性治疗材料不一，其应用有一定限度。根据不同的介入材料及方法，并经长短不一的应用后随访结果，方能作出适应证的选择。

如肺动脉瓣狭窄及主动脉瓣狭窄可分为典型的及发育不良型，前者为球囊扩张术的指征，后者效果不佳。对于依赖动脉导管开放方能生存的先心病，为动脉导管封堵术的反指征。室间隔缺损的肺动脉下型，由于封堵术后影响主动脉瓣功能，目前不是先天性心脏病介入治疗指征等。

另外适应证选择需考虑到病人年龄，年龄愈小，体重愈轻，先天性心脏病介入治疗插入的血管内径及心腔亦愈小，给操作及先天性心脏病介入治疗的装置安放带来困难，并且引起的严重并发症亦多。

此外，在婴儿期即早期出现症状的先心病多为重症，并常伴有多发畸形，因此术前需对这些病人进行精确的心脏畸形的解剖及生理评价，以确定选择最合适的治疗方式。适应证的选择随着较多病例的术后随访，以确定最有效、安全的适应证，并进行不断的修正。

同时每一心脏中心，需根据各自的专业特点、专业医师的技术水平、设备条件及内外科医师合作的习惯等决定先心病先天性心脏病介入治疗及内外科镶嵌治疗的开展。