先天性的室间隔缺损是有可能自愈的，据统计，有部分的小的先天性室间隔缺损患儿在不同年龄内能够自行闭合。上海远大心胸医院专家表示，随着年龄增长，室间隔缺损闭合的可能性逐渐减少。

分析先天性室间隔缺损自愈资料发现，缺损小于0.5cm的膜部缺损关闭的可能性最大。小型肌部缺损也可能自然关闭。室间隔缺损的自然闭合与缺损周围组织增生及三尖瓣隔瓣粘连有关。

肺动脉瓣下型室间隔缺损几乎不会自愈。

膜部室间隔缺损有一定的闭合可能性。但是如果不闭合，建议手术。国际流行的观点是无特殊症状，没有喂养困难，学龄前手术。如果频发肺部感染，喂养困难，及时手术。如果仅仅是室间隔缺损，不合并心内膜炎，还算安全的。

在等待室间隔缺损自愈过程中，缺损小的先天性室间隔缺损患儿需要每年随访心脏超声。在中国成熟的心脏中心，这类手术非常成熟，比较小的心脏手术。室间隔缺损的手术死亡率1％左右。手术本身是有风险的。室间隔缺损不推荐介入治疗。