梅克内斯古城是柏柏尔人于公元十一世纪建立的，早期由穆拉比特王朝、穆瓦希德王朝和马林王朝相继统治。

    1672年，阿拉维王朝缔造者穆拉伊·伊斯玛仪苏丹推翻塞阿德王朝，将都城从菲斯迁至梅克内斯。

    伊斯玛仪执政期间，改革军事制度，组建黑奴兵团，击退土耳其人的入侵，驱逐欧洲列强势力；同时大兴土木，修建了达尔马克赫宰王宫、西迪清真寺、穆拉伊·伊斯玛仪陵墓，以及城市的防御要塞和长约40公里的高大城墙，将梅克内斯打造成一座兼具西班牙—摩尔风格的伊斯兰都城和伊斯兰教圣地之一。当然，都城不是一日建成的，著名标志建筑曼苏尔门直到1732年伊斯玛仪儿子主政时期才全部竣工。

    十六至十八世纪，梅克内斯城内还兴建了大量装饰华丽的古典主义宗教建筑，包括格拉卡教堂、胡安·巴蒂斯塔教堂、内维斯教堂、多卡尔莫教堂和圣本托教堂等。

    1996年，梅克内斯古城作为人类文化遗产，列入联合国《世界遗产名录》。

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