甲午战败以后，在清廷上层开展维新变法运动同期，全国各地教案事件不断涌现。这两种社会现象同处于一个国体中，不能完全割裂，有着必然的联系。

1895年8月，福建爆发古田教案。民间斋教打着“除番救主”旗号攻击外国传教士，焚烧教堂。有外国学者对这次教案的定义是：“起义运动的起因，除了民族解放斗争高潮的一般前提外，最主要的是由台湾事件所引起。”（福森科《瓜分中国的斗争和美国的门户开放政策》）“台湾事件”就是日本割占台湾后派兵镇压当地民众反抗的事件。1895年5月，四川爆发成都教案，事件波及10多个州县；1898年，四川大足爆发余栋臣率领的起义。这次以“顺清灭洋”为旗号的起义持续了10个月，其宗旨为：“本义民但诛洋人，非叛国家。倘视为仇雠，反戈相向，则兵丁官役皆为洋人，并非我朝臣子，于国家法在必诛，于义民理难容宥。”起义所申张的“皆……非……”这种非此即彼的“大义”，对于长久以来近代洋务依赖于洋人的官僚阶层的“反戈相向”，其意图是明确的，应在“在必诛”、“ 难容宥”之列。这也是近代史对当时事件的定义：具有反帝反封建的特点。

但历史事件并不会这么纯粹。当时湖广总督张之洞在此前曾经说过：“此次哥老会匪，勾通洋人，连结长江上下三千里匪党，购运军火，图谋不轨，伙党极多，蓄谋至为深险”（《张文襄公全集》）。就是说，民间造反也有“勾通洋人”的现象。同样，之前的太平天国也不排除有这一现象。

1894年9月，山东大刀会起义；1896年6月，山东曹州教案爆发；1897年11月，山东巨野教案发生。由于山东教案直接引发了清末影响巨大的以“扶清灭洋”为旗号的义和团运动，这些教案广为后人所熟知。

这一系列的“灭洋”教案事件，无不由清政府派兵予以镇压。

与此同期，清廷“自上而下”的维新变法运动也开展得如火如荼。由于官僚体系主张的水火不容，发展到了新贵康梁维新派的武装夺权“围园劫后”。所谓“归政”却又看护皇权的慈禧太后对维新派的定义是：勾通洋人。即聘请英国人李提摩太和日本人伊藤博文为改革顾问，于祖宗家法不顾。封建专制这一传统法宝使得政见不同陷入了你死我活的历史轮回。戊戌变法百日之际，慈禧太后囚禁光绪皇帝，杀“戊戌七君子”，入主紫禁城，史称戊戌政变。

以慈禧为首的祖宗派可谓距离产生美，对“新贵”维新改良派“勾通洋人”视为仇寇，却透过固有社会等级界限看到了底层社会“反洋”的一面而漠视其也具有“勾通洋人”的另一面，大发谕令称之为“义民”。至此，清廷从先期镇压的一个极端走到了发动“义民”的另一个极端，这是它为了维护权力而碰鼻子转弯、短视行为的必然。它曾经对内强硬镇压的手段，在当时驻京公使中以至于产生了一个错觉，认为，在长久以来形成的洋务近代化局面中，清廷不可能与世界列强对着干（史料中留有当时外国公使的这种观点）。而当有着事件背景的义和团运动在京、津地区蔚为壮观之时，对传统与民对立的封建皇权具有深刻了解的官绅大呼：矫枉过正了！义和团运动遂成为清末社会清廷利用之排外而民众利用之“反帝反封建”——俗称“造反”的一次互为利用的历史大事件。

历史地看待这次有“反帝反封建”特点的、由“教案”累积而成的清末义和团运动，可以这么说：主角三方都失败了。义和团转瞬即逝，被镇压下去；清廷遭到了八国联军疯狂报复，京津地区遭受兵燹灾难，数十万生灵涂炭；列强赖于获利的清政府在清末中国失去信任，20世纪初列强再欲竭力扶持清廷已为时已晚。有继承、有发展、含义广泛的独立运动已不可遏制地在全国形成规模，直至“洋奴政府”灭亡。伴随着当时国际趋势大环境，这一运动持续了其后半个世纪。