DNA乙醇沉淀得率低的问题:过期试剂和加水溶解时间不够

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这次,酶切后的质粒,乙醇沉淀,加了1u 20mg/ml的糖原,结果得率只有10%。
以前用同样的方法,不加糖原,得率在70%以上。为什么这次不行了呢?
2012.1.19-20比较了新配其autoclave的 NaAc(1),old NaAc without autoclave(2), and autoclaved old NaAc(3). 新的产量是老的两倍。但是,老的NaAc autoclave后没有改善,反而是没有autoclave的产量高一点。结论:NaAc变质了。离心后,白色沉淀量,1是2和3的大概两到三倍。但是,所有的都能看到白色沉淀。而前一次,glycogen是加了2和酒精-80度过夜,然后离心,再加glycogen,再离心,看不到白色沉淀。莫非DNA和糖原结合后,既可以抵抗DNA酶,也可以抵抗糖原酶?这次是-20度过夜的。用2接种了一个plate,一天后无菌落生长。
同时把上一次得率只有10%的所有DNA PCI抽提,重新用1,酒精沉淀。结果,原来的总量是130X25,现在居然变成了660X15,增加了两倍!最可能的解释是当时DNA浓度测定不对。为什么呢?很可能是加了水之后室温下溶解的时间不够。以前好像是用60度十分钟,效果不错,或者室温下30分钟。今后就用60度十分钟吧。
失败的关键:
1. 过期试剂。是不是因为没有autoclave才变质了呢?
2. 加水溶解时间不够。60度十分钟,或者室温下30分钟才行。
2012.1.17
pBS-Upd3 Acc651, 1/10 Na Acetate, 2.5X ETOH, incubate at-80C ON. Spin 16000g 15min 4C. Added 2ul of glycogen,
70%ETOH, Spin 5min at 4C. Dissolve at RT for 10min?.Yield: 10%. It
should be about 40% based on the amount of DNA get from it from the
next ethanol precipitation.
2011.9.18
pBS-Upd3 BamH1 and Bste II. 1/10 Na Acetate, 3X ETOH, incubate on ice 15min. Spin 18000g 15min 4C. 70%ETOH, Spin 5min. Dissolve at 37C for 30min.Yield: 25% and 34% respecitively. P723
2011.9.15
pBS-GR51, 1/10V Na Acetate, 2.5X ETOH, incubate on ice 25min. Spin 18000g 15min 4C. 70%ETOH, Spin 5min. Dissolve at RT for 30min. Yield: 50%. P715
2011.8.13
pBS-GR51, BamH1 and Hind III, 1/10V Na Acetate,
3X ETOH, incubate -20C ON, Spin 18000g 30min or 50min at 4C.
70%ETOH, Spin 20min. White pellet can be seen for BamHI but not
hind III ( bam HI is 600ul while hind III is only 200ul) Dissolve
for 10min at 60C Yield:unkown.
2011.8.12
pBS-GR51, BamH1 and HindIII. 1/10V Na Acetate, 3X ETOH, incubate on ice 3h. Spin 18000g 30min 4C. 70%ETOH, Spin 15min. Small white pellet can be seen. Dissolve for 10min(RT? probably 60C) Yield:70%.P681
以前用同样的方法,不加糖原,得率在70%以上。为什么这次不行了呢?
2012.1.19-20比较了新配其autoclave的 NaAc(1),old NaAc without autoclave(2), and autoclaved old NaAc(3). 新的产量是老的两倍。但是,老的NaAc autoclave后没有改善,反而是没有autoclave的产量高一点。结论:NaAc变质了。离心后,白色沉淀量,1是2和3的大概两到三倍。但是,所有的都能看到白色沉淀。而前一次,glycogen是加了2和酒精-80度过夜,然后离心,再加glycogen,再离心,看不到白色沉淀。莫非DNA和糖原结合后,既可以抵抗DNA酶,也可以抵抗糖原酶?这次是-20度过夜的。用2接种了一个plate,一天后无菌落生长。
同时把上一次得率只有10%的所有DNA PCI抽提,重新用1,酒精沉淀。结果,原来的总量是130X25,现在居然变成了660X15,增加了两倍!最可能的解释是当时DNA浓度测定不对。为什么呢?很可能是加了水之后室温下溶解的时间不够。以前好像是用60度十分钟,效果不错,或者室温下30分钟。今后就用60度十分钟吧。
失败的关键:
1. 过期试剂。是不是因为没有autoclave才变质了呢?
2. 加水溶解时间不够。60度十分钟,或者室温下30分钟才行。
2012.1.17
pBS-Upd3 Acc651, 1/10 Na Acetate, 2.5X ETOH, incubate at-80C ON. Spin 16000g 15min 4C. Added 2ul
2011.9.18
pBS-Upd3 BamH1 and Bste II. 1/10 Na Acetate, 3X ETOH, incubate on ice 15min. Spin 18000g 15min 4C. 70%ETOH, Spin 5min. Dissolve at 37C for 30min.Yield: 25% and 34% respecitively. P723
2011.9.15
pBS-GR51, 1/10V Na Acetate, 2.5X ETOH, incubate on ice 25min. Spin 18000g 15min 4C. 70%ETOH, Spin 5min. Dissolve at RT for 30min. Yield: 50%. P715
2011.8.13
pBS-GR51, BamH1 and Hind III,
2011.8.12
pBS-GR51, BamH1 and HindIII. 1/10V Na Acetate, 3X ETOH, incubate on ice 3h. Spin 18000g 30min 4C. 70%ETOH, Spin 15min. Small white pellet can be seen. Dissolve for 10min(RT? probably 60C) Yield:70%.P681
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