1.       Marker质量问题：

1. Maker被DNA酶污染，已经部分降解。
2. 如果是自制的marker，可能粘性末端重新结合。煮沸3-6分钟，冰水骤冷，可使之重新分开。

2.  凝胶质量问题：

1. 凝胶质量不好。
2. 配胶的水不干净。
3. 胶不均匀，煮沸的时候要多煮沸一段时间（4-5分钟）。
4. 凝胶放置时间太久，被部分降解。
5. EB浓度太高，降低胶中EB浓度到0.1-0.2ug/ul。
6. 凝胶被DNA酶污染。

3.  电泳问题：

1. 电泳的电压太高，不要超过20V/cm。
2. 电泳时间长，产热多，导致胶部分融化。
3. 电泳仪电压不稳。
4. 电泳缓冲液陈旧。1X TAE，100V不能使用超过50分钟。

其中，红色标记的更为常见。