F₂群体是常用的作图群体，迄今大多数植物的DNA标记连锁图谱都是用F₂群体构建的。不论是自花授粉植物，还是异花授粉植物，建立F₂群体都是容易的，这是使用F₂群体进行遗传作图的最大优点。但F₂群体的一个不足之处是存在杂合基因型。对于显性标记，将无法识别显性纯合基因型和杂合基因型。由于这种基因型信息简并现象的存在，会降低作图的精度。而为了提高精度，减小误差，则必须使用较大的群体，从而会增加DNA标记分析的费用。

F₂群体的另一个缺点是不易长期保存，有性繁殖一代后，群体的遗传结构就会发生变化。为了延长F₂群体的使用时间，一种方法是对其进行无性繁殖，如进行组织培养扩繁。但这种方法不是所有的植物都适用，且耗资费工。另一种方法是使用F₂单株的衍生系（F₃株系或F₄家系）。将衍生系内多个单株混合提取DNA，则能代表原F₂单株的DNA组成。为了保证这种代表性的真实可靠，衍生系中选取的单株必须是随机的，且数量要足够多。这种方法对于那些繁殖系数较大的自花授粉植物（如水稻、小麦等）特别适用。