圣迭戈闪电队于1960年成立于洛杉矶，是美国橄榄球联盟最初的八支球队之一，创始人是巴荣·希尔顿（Barron Hilton）。

闪电队这个名字是由巴荣·希尔顿的总经理弗兰克·约克（Frank Ready）挑选的。当时希尔顿非常喜欢这名字，因为当他们在南加州大学体育馆比赛中高喊“Charge!（冲啊）”的时候，听起来有点像军号的感觉。

闪电队于1960年开始在洛杉矶参赛，然后在1961年迁往圣迭戈，后来他们加入了美联与国联合并后的联盟。

球队在1963年赢得美国橄榄球联盟冠军，并在1994年杀进了第29届超级碗决赛，但是最终以26-49败给了旧金山49人队。

目前，闪电队由亚历山大·斯潘诺斯（Alexander Spanos）拥有，价值高达9.5亿美元。