构建系统进化树的一般原则
1、可靠的待分析数据；
2、准确的多序列比对；
3、选择合适的建树方法：
    序列相似程度高，MP首选；
    序列相似程度较低，距离法；
    其他，ML
一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区别可接受。
系统发育树的评价标准
拓扑结构误差：推断树和真实树之间的分支式样方面存在的差异
分支长度误差：分支长度与真实（或期望）分支长度间的偏差
评估系统发育树: bootstrap
再详细的你可以查查生物信息学

用clustalw/x构建tree，建议构建tree时候选择bootstrap分析，这样可以使构建的tree有统计上的意义。生成的多序列比对文件一般 .aln 结尾的是clustal格式的，可以用JalView打开看，目前最好的看序列比对的软件（需要java虚拟机）。
tree上的数字一般是分支到原点的进化距离。
同源性数值应该是指两条序列之间的同源性，在Jalview上可以清晰的显示任意2条序列之间的同源性。其实在建tree之前，clustalw/x就会构建这样NxN的同源性矩阵称作 ID table，这个很容易计算出来的。