变性聚丙烯酰胺凝胶电泳

聚丙烯酰胺凝胶电泳是以聚丙烯酰胺凝胶作为支持介质的电泳方法。在这种支持介质上可根据被分离物质分子大小和分子电荷多少来分离。聚丙烯酰胺凝胶电泳适宜分离鉴定低分子量蛋白质、小于1Kb的DNA片段和DNA序列分析，其装载的样品量大，回收DNA纯度高，长度仅相差0.1%(即1000bp中的1bp)的核苷酸分子即能分离。

聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺单体，在催化剂TEMED(N，N，N，N'一四甲基乙二胺)和过硫酸铵的作用下，丙烯酰胺聚合形成长链，聚丙烯酰胺链在交联剂，N，N'一亚甲双丙烯酰胺（交联剂）参与下，聚丙烯胺链与链之间交叉联接而形成凝胶。聚丙烯酰胺凝胶孔径的大小是由丙烯酰胺和交联剂的浓度及比例决定的，不同浓度丙烯酰胺和DNA的有效分离范围见下表.

构建系统进化树的一般原则
1、可靠的待分析数据；
2、准确的多序列比对；
3、选择合适的建树方法：
    序列相似程度高，MP首选；
    序列相似程度较低，距离法；
    其他，ML
一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区别可接受。
系统发育树的评价标准
拓扑结构误差：推断树和真实树之间的分支式样方面存在的差异
分支长度误差：分支长度与真实（或期望）分支长度间的偏差
评估系统发育树: bootstrap
再详细的你可以查查生物信息学

用clustalw/x构建tree，建议构建tree时候选择bootstrap分析，这样可以使构建的tree有统计上的意义。生成的多序列比对文件一般 .aln 结尾的是clustal格式的，可以用JalView打开看，目前最好的看序列比对的软件（需要java虚拟机）。
tree上的数字一般是分支到原点的进化距离。