在不少人看来，实践哲学是为了适用改革开放新局面经过国内众多学者解读、总结马克思恩格斯哲学思想基础上建立起来的理论，内部逻辑应该是非常严谨没有漏洞的。其实，实践哲学内部矛盾冲突重重逻辑漏洞非常明显。

首先，内因概念没有厘清。与神创造世界万物不同，辩证法强调的是内因推动和内因创造。内因在逻辑上既是事物的本质也是事物的根本力量。如果说劳动作为根本力量推动古猿转变为人，其实就是说劳动是古猿转变为人的内因力量。当然，如果说劳动（实践）是推动精神和人类社会运动的根本力量，其实也是说劳动（实践）是精神和人类社会的内因力量。而内因又是事物的本质，因此，按照实践哲学的逻辑，如果承认劳动是古猿、人、精神、人类社会的根本动力，那么也应承认劳动是古猿、人、精神、人类社会的共同内因，即劳动是古猿、人、精神、人类社会的共同本质。劳动是古猿、人、精神、人类社会的共同本质吗？如果古猿、人、精神、人类社会有共同本质，那么它们就是没有本质差别的事物，显然这种观点不会有人认同的。事物存在质的变化，内因也存在质的变化。在逻辑上，根本不存在某种内因可以始终如一贯穿不同质的事物的情况。实践哲学把劳动看成是古猿、人、精神、人类社会共同内因的观点明然是违反逻辑的。

第二，违反辩证法诸原则。辩证法包含内因和外因、普遍联系、系统论、自组织理论等若干原则，不包含人们经常运用的实体论原则和还原论原则。正如研究平面几何必须遵守平行公理那样，研究哲学建构哲学理论必须遵守作为公理或原理的辩证法原则，不能出现与辩证法原则相冲突的情况。比如，近代科学主要运用实体论原则和还原论原则研究物质，把大的实体物质还原为小的实体物质，直到不能分解、还原的夸克。而哲学却不能采用近代科学研究物质的方法探索物质奥秘，在提出共性物质与个性物质区别的基础上，强调运用内因和外因、普遍联系、系统论、自组织理论等辩证法的方法认识和把握物质。这是哲学与科学认识事物非常重要的区别，但是不少人却没有认识到这种区别，以为科学研究方法就是哲学研究方法，混淆哲学研究方法与科学研究方法的不同。再比如，生活中中不少人习惯运用非辩证法的实体论原则和还原论原则认识和把握精神的奥秘，认为非实体的精神的奥秘就是实体脑的奥秘，根本没有认识到应该运用辩证法的内因和外因、普遍联系、系统论、自组织理论等原则认识和把握精神的奥秘。美国著名学者诺贝奖获得者斯佩里认为按照近代科学还原论的方法在实体脑中根本找不到精神，提出精神是在人脑神经系统基础上突现形成的高层次系统的观点。斯佩里的看法得到我国著名学者钱学森教授的赞同，认为斯佩里的看法与中国传统文化把心看成是君主之官的看法相同，这种观点可以合理解释精神为何能够向下支配、控制人的形体的问题。问题是，既然哲学对物质的认识就不再运用近代科学强调的实体论原则和还原论原则，为何对精神的认识却要运用近代科学运用的实体论原则和还原论原则呢？我们认为斯佩里对精神的看法尽管不符合近代科学运用的实体论原则和还原论原则，但却符合辩证法的诸原则。也就是说，斯佩里提出的认识精神奥秘的方法才是哲学研究需要运用的辩证法的方法。

综上所述，我们认为哲学与科学有着自己各不相同的研究方法，不能运用科学研究方法来研究哲学，否则，科学与哲学就是没有区别的理论了。实践哲学不仅在内因问题上不遵守逻辑，片面认为劳动是古猿、人、精神、人类社会共同的内因，抹杀了古猿、人、精神、人类社会本质上的区别，而且混淆科学研究方法与哲学研究方法的不同，用科学研究方法代替哲学研究方法认识事物特别是用科学研究方法代替哲学研究方法认识精神，把实体脑的本质看成是精神的本质。这是根本错误的。