在逻辑上，精神的奥秘其实就是精神的本质，而精神的本质实际上就是精神的内因。由于近代科学是按照实体性原则和还原论原则探索事物本质的，因此，不少人习惯把实体性的人脑看成是非实体的精神的本质奥秘之所在，通过层层解剖层层还原的方式力图在实体性的人脑中寻找精神的奥秘。而辩证法则是从联系角度探索事物的本质的，认为事物的内部联系形成内在本质外部联系形成外在本质。也就是说，辩证法认为事物的本质在事物内部而不是在事物之外的他物之中。因而，从精神之外的人脑探索精神的本质显然是不符合辩证法的联系原则的。联系原则强调的是事物的整体性，这点正好与还原论的思路相反。也就是说，辩证法确定的是研究事物本质和内因的整体性原则，只是不少人忽视了辩证法的整体性原则。

系统论告诉我们，事物不论内部还是外部都是以系统方式相互联系的，事物在相互联系过程中突现形成的高层次系统具有低层次所不具有的新质和新功能，而且高层次系统的新质和功能不能还原为低层次系统的质和功能。也就是说，按照辩证法的系统原则，精神作为高层次系统是不能还原为低层次的人脑系统的质和功能的。所以，把精神看成人脑的属性和功能根本就不是辩证法的观点。当然，辩证法并不反对人们运用解剖、还原的方式了解、研究事物，只是应该认识到这种解剖、还原的局限性，不能把解剖、还原的观点当做可以凌驾或超越辩证法原则之上的观点。斯佩里自觉抛弃还原论方法提出用系统方法研究精神，就说明他已经注意到了还原论方法的局限性。但是，不少哲学研究者却没有认识到这些，仍然在用非辩证法的实体性原则、还原论原则等建构哲学理论。

当前，国内哲学研究之所以比较混乱且形而上学观点到处都是，最主要的原因就是人们没有严格遵守辩证法原则随意运用非辩证法原则导致的。研究哲学而不遵守作为哲学理论核心内容的辩证法原则，实在是让人觉得不可思议！