如何理解脑与心是哲学上争论不休的问题。有人认为看得见、摸得着的脑才是真实存在，看不见、摸不着的心是非真实存在。因而，认为思维是脑的功能而非心的功能。

我国著名科学家钱学森完全赞同诺奖获得者斯佩里把精神理解成是人脑神经系统基础上突现形成的高层次系统的观点，认为斯佩里的观点与中医理论把心看成是君主之官的看法逻辑一致。系统论告诉我们，高层次系统具有低层次系统所不具有的新质和新功能，不能把高层次系统的新质和新功能还原为低层次系统的质和功能。也就是说，按照系统论原则，不能把高层次精神（心）系统的质和功能还原为低层次的人脑神经系统的质和功能。荀子认为“心之官则思”，中医理论同样认为“心者，君主之官，神明出焉”。非常明显，中国传统文化认为思维是君主之官心的功能。如果我们承认精神（心）是在人脑神经系统基础上突现的高层次系统，那么思维就是这个在人脑神经系统基础上突现的高层次心系统的功能。但是，由于精神（心）系统看不见、摸不着，且人脑神经系统与精神（心）系统是相互依存不可分割的关系，导致不少人认为思维是可以看得见、摸得着的实体脑神经系统的功能，否认思维是看不见、摸不着的心的功能。近代科学把思维看成是实体脑的功能运用的是还原论的方法，诺奖获得者斯佩里认为按照这种还原论的方法在人脑中根本找不到精神，因而提出与还原论方法截然不同的系统论的方法研究精神，认为思维是人脑神经系统基础上突现的高层次系统的功能。承认意识、思维是人脑神经系统基础上突现形成的高层次心系统的功能，并不是说思维可以脱离脑神经或不需要脑神经，而是思维必须依赖脑神经系统必须建立在脑神经基础之上。有些人之所以无法接受思维是心的功能的观点，主要是受实体物质观和还原论观点的束缚没有真正树立系统论的观点导致的。

我们认为思维的发生有脑与心两个基础，仅仅研究脑并不能真正揭示思维的奥秘，还需要同步研究在脑神经基础之上突现形成的心系统的内部结构和内部联系才能最终揭示思维的奥秘。不少人以为肯定思维是心的功能，就是否定脑的作用。这种极端的思维方式要么片面把思维归结于心否定脑，要么片面把思维归结于脑否定心，根本看不到研究思维需要运用系统方法综合处理脑与心的关系。如果我们搞清楚了心与脑是高层次系统与低层次系统之间的包含与被包含的关系，思维活动建立在心与脑这两个不同层次系统之上，就会发现抛开高层次的心系统片面从低层次的脑神经系统的角度研究思维是多么地不完善不科学。所以，如果从辩证法的系统角度看问题，可以发现仅仅依赖脑科学的发展而不综合心理学的研究成果是不可能最终揭示思维的奥秘的。