正如研究平面几何必须遵守平行公理那样，研究哲学建构哲学理论必须严格遵守辩证法原则，不能出现与辩证法原则相矛盾的情况。但是，在具体哲学研究的过程中，很多人并不遵守辩证法原则，甚至出现随意违反辩证法原则的现象。

辩证法原则包括内外因、普遍联系、系统论、自组织理论等。在这些原则中既没有实体性原则也没有还原论原则，这说明辩证法原则早就超越了实体性原则和还原论原则。但是，有很多人却仍然习惯把实体性原则和还原论原则当成比辩证法原则更基本的东西来建构哲学理论。比如，对心脑关系的认识人们仍然习惯坚持精神的本质在于实体脑的观点，根本没有认识到实体性原则和还原论原则不是辩证法原则，不能成为凌驾于辩证法原则之上的建构哲学理论的基础性的原则。由于实体性原则和还原论原则是近代科学运用的主要原则，导致很多人错误地认为这些原则是可以超越辩证法原则的科学原则，并以此来反对按照辩证法原则得出的哲学结论。这是当前哲学研究内部矛盾重重的最主要原因。

中国传统文化中“心之官则思”就是按照辩证法原则得出的哲学结论，但是人们却用实体性的还原论原则否定这种观点，认为思维是脑的功能否认心具有思维能力。我们认为思维是人脑神经基础上形成的新质系统的功能，如果思维是脑的功能而不是高层次系统心的功能，心如何能够自组织？心如果没有自组织能力，面临外部扰动随时都会崩溃的，这样就不会有正常的健康心理存在。大家知道，精神（意识、思维和心理）是物质高度发展的产物。既然物质都是自组织的，那么在物质基础上产生的高级产物（精神）应该也是自组织的吧？如果不能自组织的，精神如何能够被称为比物质（自组织）还高级的产物？马恩多次强调辩证法（自组织理论）既适用于自然界、人类社会，也适用于人类精神。如果我们承认马恩的论述是正确的，精神必然也是自组织的。否则，马恩的观点就不能成立。

如果我们真正遵守了辩证法原则并按照辩证法原则建构哲学理论，就会发现所谓思维是人脑功能的观点，以及劳动、实践是精神运动根本动力的观点都是违反辩证法原则的错误观点。