智化寺的如来殿与万佛阁，一底一楼，同一座建筑上下异称，是智化寺中轴线上最大的建筑。一层如来殿内金砖铺地，正中设木质八角形须弥座，上面供奉释迦如来本尊，左右为梵天、金刚二胁侍，两塑像均站在木质须弥座上，衣饰用细腻工笔手法，沥粉贴金，绘有龙、凤、狮子、麒麟等吉祥动物纹饰。周边遍布佛龛，供奉木质漆金小佛像9000余尊。建筑、佛像、壁画都完整的保留了明代的风格，并无翻修的痕迹。二层如今封闭上不去，在一层殿内还立有明英宗天顺六年颁赐经书的藏经碑和经橱。就是在这个万佛阁，我国已故古建专家刘敦桢先生曾讲道：“万佛阁之藻井，金龙盘绕，结构恢奇，颇类大内规制，非梵刹所应有。”但很不幸目前已经流失到了美国，北京市社科院的阎崇年研究员1989年在费城艺术博物馆曾看到了这个藻井，用他自己的话说就是：“当时就感到内心一震，这个藻井简直太华美了。”他见过国内许多藻井，而智化寺藻井的确是我国建筑艺术的一绝，它造件之繁复、层数之多堪称我国“藻井之最”。

藏殿是智化殿前的西配殿，因殿中不设法座，仅置“转轮藏”一具，故名“藏殿”。“转轮藏”为八角形，高四米余，下部为须弥石座，中部为经柜，上部为毗卢帽顶。石座转角处雕有“天龙八部”经柜角住上雕有象、狮、四不像和菩萨、天王、韦驮与金刚，顶部则雕有大鹏金翅鸟、龙、龙女和毗卢佛。经柜本身为抽屉式，每面九层，每层五屉，上面雕刻佛像。与正上方的藻井相衬托，更添几分凝重、神秘气息。 也不知是不是藻井位置比较隐蔽（被转轮藏遮挡住了），还是因为有佛在，所以没敢轻举妄动，这座藻井才被保留下来。 “转轮藏”是佛教寺中一种可以回转的八角形佛教书架，中心立轴，使书柜可以旋转。转动一圈相当于诵经一遍。  据说现在最古老的，真正能转动的”转轮藏“是在河北正定隆兴寺内。 而智化寺这座“转轮藏”是石头基座，固定不动的，只能是人围着“转轮藏”转了。