昆山足球俱乐部的前身是成立于2014年12月的镇江华萨足球俱乐部，2018年12月11日更名为昆山足球俱乐部，同时发布新版队徽，将主场迁往江苏昆山。

2014年12月12日，巴萨中国球迷协会主席石秀坤在工商部门注册镇江华萨足球俱乐部。2016年，镇江华萨参加江苏省业余足球联赛总决赛并获得冠军。同年，镇江华萨参加中国足球协会业余联赛总决赛获得第6名，在第3名武汉楚风合力放弃中乙资格及天津火车头退出中国足球乙级联赛的情况下，镇江华萨获得最后一张中国足球协会乙级联赛门票。

昆山足球俱乐部自2018年7月落户昆山以来，一步一个台阶，在近两年的时间里，秉承“开放、融合、创新、卓越”的昆山城市精神，并在昆山城市精神的基础上建立了以“你我共昆山”为理念的文化建设指导思想体系。坚持打造“将足球融入生活，为昆山实现梦想”的俱乐部品牌理念。立足昆山，打造昆山市民自己的职业足球俱乐部，努力成为昆山城市新名片，为昆山足球事业发展乃至中国足球改革发展做出贡献。

2019赛季昆山FC获得中乙联赛南区第5名，中乙第9名。昆山FC和昆山赛区在2019中国足球协会中乙联赛颁奖盛典中，斩获“中乙联赛优秀文化建设俱乐部”、“最佳人气赛区”、“预赛阶段优秀赛区”、“感动球迷”四大奖项。2020年5月21日，征战中乙联赛一年的昆山FC成功递补中甲，成为2020赛季中甲联赛参赛队伍。

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