苏州东吴足球俱乐部前身是2008年5月29日成立的苏州锦富新材足球俱乐部，2015年更名苏州工业园区东吴足球俱乐部，11月7日正式成立苏州东吴足球俱乐部。

2015年苏州锦富队参加足协杯资格赛，并以小组第一晋级到足协杯正赛，但在第二轮点球被该年度中甲联赛冠军延边长白山淘汰，凭此获得“业余球队进步奖”。2015年，苏州东吴夺得中国足球协会业余联赛冠军，继而获得2016年中国足球协会乙级联赛的资格。2017年中国足协杯，东吴队接连淘汰四川安纳普尔那足球俱乐部、梅州客家、延边富德足球俱乐部闯入到第4轮，最后点球大战14比15（总比分15-16）被上海上港淘汰。

2019年，苏州东吴获得中国足球乙级联赛第四名，失去了直接升上甲级联赛的资格。

2020年5月21日，苏州东吴足球俱乐部递补参加2020赛季中国足球甲级联赛的申请得到正式回复，苏州东吴获得中甲参赛资格。苏州东吴足球俱乐部经过十二年各级联赛的洗礼，秉承“战吴不胜，一往吴前”的拼搏精神，扎根苏州，全力打造属于苏州这座历史文化名城的优秀职业俱乐部。苏州东吴足球俱乐部将踏上中国职业足球的更高一级联赛舞台，挑战新的征程。

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