司马睿在王导等人的拥戴下，做了皇帝。尽管开始时王导是百般的推辞谦让，不过“王与马共天下”的消息却不胫而走，也难怪，司马睿本身就是一个光杆司令，手下鲜有兵将，除了能打仗的王敦、会治国的王导，司马睿还真的无计可施。
    当司马睿渐渐坐稳了皇位以后，就发觉王敦根本没把自己放在眼里。姓王的我行我素不说，整天对自己鼻子不是鼻子、脸不是脸的，真的搞不清天下究竟是谁的天下。司马睿明白，自己除了姓司马以外，别的统统不好使。
    不过王敦还真的不能惹。这个人除了有两下子之外，手下有很多不忠不孝打架斗狠的主。在这么一种情况下，司马睿封王敦做了很大的官，不仅是江州牧，而且是镇东大将军、开府仪同三司，加都督江、扬、荆、湘、交、广六州诸军事、江州刺史，封汉安侯。整个朝廷的军队几乎全都是王敦的队伍。况且王敦不是一般的粗人，颇知兵法。又有文化，门多故吏，遍及朝野。
    王敦很野蛮，总想指挥指挥司马睿。心里想你是我们姓王的拥立的，你一定给我们一条心。否则，会让你好看。因为看到司马睿重用了刘隗刁协等人，就气不打一处来。于是扬言要“清君侧”，大军浩浩荡荡。当时名将祖逖已死、刘琨被杀，一时间王室危急，谯王司马承舍生忘死，拼命抵抗。怎奈兵微将寡。一个叫甘卓的将军，畏首畏尾，不与朝廷一心，反而拼命想保全自己的军阀实力。
    建康城下，王敦已经从芜湖攻破。王导还在司马睿面前作秀，因为有周顗的力谏，无可奈何的皇帝对着王导大加赞誉，说他是难得的忠臣，并且加封王导为前锋大都督统领兵马，至于刘隗等辈，皆有重任。
    王敦到了石头城下，先命部将杜弘攻城。朝廷守将、征虏将军周扎投降。刘隗等都不是对手，王导等面对着族弟王敦心中不免怀思，无心抵抗。朝廷大军政令不统一，结果四散奔逃。
杀到宫廷，司马睿苦不堪言。意欲让贤。此时，王敦便大杀朝廷大臣，周伯仁戴渊等慷慨赴死。谯王司马承率领残兵败将与之周旋，不幸被害。
    王敦入城，丝毫不加约束部下。手下人拆迁百姓房屋，剽掠市道，无恶不作。王敦在军帐里分兵派将，俨然是皇帝一般。司马睿名虽皇帝，外怕石勒等羯胡，内惧王敦等叛逆，号令不出国门，终日筹款，无人可诉。以致忧郁成疾，卧床不起，匆匆写好遗诏，便一命呜呼。
    江湖曰：司马睿，江东之主，东晋国开国皇帝，由于一度信任王敦王导兄弟，无法满足王敦的欲望，以致听任豺狼当道，含羞忍辱，饮恨终身。一个地方的首脑，千万不能向司马睿那样，自己听任属下做大。要么这个官不做，要做就要做好。不过多行不义必自毙，王敦也没有好下场。后来自己死了，儿子也被诛杀，以前好多关系不错的人就是王导也给他划清了界限。行凶作恶者不可不察。