与《自然哲学的数学原理》一样，《物种起源》也是人类历史上影响最大的科学著作之一。不同的是，牛顿以此致敬上帝，曾经攻读神学并可能成为一名牧师的达尔文，却向上帝投去了一把致命的匕首。虽然如今进化论已经普遍得到公认，尽管达尔文已被普遍认为是宗师巨匠，但是不论生前身后，争议始终伴随着这个名字。

    争议的原因可能有两个。首先是宗教原因。基督教认为上帝全知全有全能，上帝创造了宇宙万物，也创造了生命包括人类。也因此可以得出结论，生命是被精巧设计出来，物种是亘古不变的。进化论则认为生命是逐步演化的，物种也是不断变化的，这动摇了宗教的根基。其次是道德原因，后期发展出来的社会达尔文主义，成了德国纳粹暴行的理论依据。他们认为人种也是不断进化的，也存在着优秀人种淘汰劣等人种的过程，雅利安人就是优秀人种。但这完全不符合达尔文的观点，进化论其实应该是演化论，本身并没有方向，不存在低级到高级、落后到先进的定向发展，只是由于变异和适应引发的自然选择造就了如今的物种。

    贝格尔号的远航也许是史上最重要的航行之一，五年时间历尽艰辛，编览南美大陆和岛屿，见识了大量光怪陆离的生物，收集了大量的样本素材，让达尔文从名不见经传的爱好者，成了声名鹊起的博物学家和地质学家。

    达尔文深知自己关于物种起源的论点的炸裂效果。回英五年后即1842年他就已构建出物种起源的框架并形成初稿，但是他却花费大量时间转而研究其他蔓生蟹类动物。多年航海生涯让达尔文收获不菲却也代价巨大，三十多岁开始就饱受伤病折磨。达尔文甚至写好了遗嘱留了400英镑指定几个朋友帮他出版这本著作，以回避因此导致的社会和学界对他的诘难，可惜他托付的几个朋友都比他死得早。迟迟不肯出版的另一个原因，则是严谨治学的达尔文希望完成鸿篇巨制，构建完整体系，因此在不停的补充论据。人算不如天算，节奏被一个热情的年轻人打乱，差点引发如同牛顿和莱布尼茨关于微积分首创者的争议。

    某天达尔文收到年轻学者，也是他的粉丝华莱士的手稿，希望他来提携斧正。论文内容让达尔文大惊失色，那正是达尔文自己的进化论思想，只是稍显简单粗略。煎熬的达尔文委托挚友赖尔和虎克将华莱士的手稿与自己早年的研究成果同时提交林纳学会，也明确了双方均独立提出了进化论理论。随后达尔文听从朋友建议，加快了著述步伐，终于在1859年出版了《依据自然选择的物种起源》，将一颗超级炸弹扔进了历史长河，掀起了层层巨浪。