1、三性说。三性即遍计所执性、依他起性、圆成实性。无著、世亲等瑜伽行派认为，诸法实相应有两方面，既不是有自性，也不是一切都无所有，而是远离有无二执以为中道。这样即有虚妄分别与空性两面：

依分别的自性说为“依他起性”（相对真实）；

依分别的境说为“遍计所执性”（妄想）；

又依空性说为“圆成实性”（绝对真实）。

法相宗继承此说，且结合唯识说，以为三性也不离识，谓诸识生起之时，现似见分与相分两分是依他；意识从而周遍计度，执为“能”、“所”二取，则是遍计所执。

该宗又用唯识所现来解释世界，认为世界现象都由人的第八识即“阿赖耶识”所变现，而前七种识再据以变现外境影像，缘虑执取，以为实在。

在阿赖耶识中蕴藏着变现世界的潜在功能，即所谓种子其性质有染有净，即有漏无漏两类。有漏种子为世间诸法之因，无漏种子为出世间诸法之因。从而说明未来出世者种姓有声闻、独觉与菩萨三乘之别，又有不定为何乘之“不定种姓”与三乘也不得入的“无种姓”，因而建立五种姓说。这与向来所说一切众生皆有佛性之说不同，是该宗中心思想之一。

2、五重观法。为与唯识说相适应，主张用唯识观。窥基提出五重唯识观是：

(1)遣虚存实识。此观有情的遍计所执性法，纯属妄情臆造，毫无事实体用，故应遣除；至于依他性法仗因托缘依他而有事实体用，是“后得智”之境，又圆成性是诸法之理，为“根本智”之境，均不离识而应留存。是为唯识观的初步。

(2)舍滥留纯识。虽观事理皆不离识，而此内识有所缘相分和能缘见分。相分为内境，见分心仗以起，摄境从心，并简别有滥于外境，所以只观唯识，为第二步。

(3)摄末归本识。摄见相二分之末，归结到自心体分之本。因见相分皆识体所起，识体即为其本。今但观识体，为第三步。

(4)隐劣显胜识。隐劣心所，显胜心王。心王起时必隐劣心所，为第四步。

(5)遣相证性识。心王犹属识相，今遣相而证唯识性，得圆成实之真，为唯识观最究竟之阶段，即第五步。

3、因明学说。因明原为瑜伽行派所创。窥基对因明作法，多有发展，主要有：区别论题为“宗体”与“宗依”；为照顾立论发挥自由思想，打破顾虑，提出“寄言简别”的办法；立论者的“生因”与论敌的“了因”，各分出言、智、义而成六因，正意唯取“言生”、“智了”；每一“过类”都分为全分的、一分的，又将全分的一分的分为自、他、俱；推究了有体与无体。