偏爱于对历史真实的探究。在前人研究的基础上，借鉴近年不断涌现出的考古成果，掷地有声地提出尧舜故里就在山东菏泽的观点。大禹“三过家门而不入”的故事尽人皆知，可大禹治水的真相是什么？侯仰军认为：“所谓大禹治水不过是把济、濮流域的积水排泄出去而已。而要疏导积水，唯一的办法就是开挖沟洫，所以后来孔子论大禹的功绩，说大禹‘尽力乎沟洫’。由于大禹治水卓有成效，加上人类有一种对自己崇拜的人或事喜欢加以拔高的本性，代代相传，越拔越高，大禹开掘沟洫便被夸大成开掘江河，大禹也就从人变成了神。”

当下，有些史学论著靠史料的堆砌和繁复的论证来取胜，往往让行外人难以卒读，不利于真正的学术普及。侯仰军所著《历史真相与文化反思》一书，论证环环相扣，史料条分缕析，语言简洁优美，考证令人信服，充分显示出他深厚的史学功底和挚诚朴真的治学精神。

“求真求实，向善向美”，是侯仰军多年来的坚守。治学以来，他一直致力于历史学、文献学与中国传统文化的研究、教学、出版工作。不论是做教师、做编辑，还是从事行政，他总能忙里偷闲，进行学术研究，至今已出版学术著作7部，整理、点校、翻译古代文献12部。

在治学研究中，侯仰军运用文献学与考古学相结合的方法，对夏商起源问题进行了细致而深入的探讨，写成《考古发现与夏商起源研究》一文。侯仰军认为：鲁西南的文化遗存十分丰富，以北辛文化、大汶口文化、龙山文化、岳石文化为代表的一大批古文化遗址排列有序，在全国具有很大影响；考古发现表明，4000年前鲁西南的地形地貌及自然环境是岗丘布野，河湖交错，林木茂密，气候湿热，非常适合人类生存；我国历史传说中的圣君，即当时的部落联盟首领尧、舜，一生虽迁徙不定，但主要活动区域都与今鲁西南地区密切相关；虞为夏朝建立前的一个朝代，起码是一个城邦国家，它的国都和疆域就在豫东、鲁西南地区。

通过对考古文献的梳理，侯仰军提出以下观点：夏后氏是颛顼氏族的后裔，兴起于豫东、鲁西南地区；大禹在这里治水，并奠定夏朝立国的根基；夏启利用其父大禹治水的威望，当了天下盟主，建立了夏王朝，都城在雷泽附近的古城阳；夏朝的政治中心一直与豫东、鲁西南地区密切相关。从文献上看，豫东、鲁西南地区曾经是许多著名氏族的发祥地，除夏后氏之外，还有与夏同姓的有莘氏、有扈氏、昆吾氏、豕韦氏、大彭氏，楚人、秦人的祖先都曾在这里生息繁衍过。商族最早的族居地是今豫东、鲁西南地区，在考古学上表现为早期岳石文化或龙山文化青堌堆类型；后来一度迁到河北省中南部和河南省北部，创造了典型先商文化即漳河型、辉卫型；不久又迁回豫东、鲁西南地区，并在商汤率领下，以今天的曹县一带为中心，积聚力量，于是菏泽地区安邱堌堆的岳石文化面貌在与山东内地基本一致的情况下，有些因素显然接受了冀南、豫北先商文化的影响；商汤灭夏后，商部族鉴于东夷势力强大，又是自己的盟友，不便向东扩张，而河南中西部原来是夏人的势力范围，便在王朝建立初期大肆向西扩张，“南关外期”文化就是其在考古学上的表现。自从大禹治理好了豫东、鲁西南地区的洪水后，这里便成了夏商周三代人口最繁庶，政治、经济、文化最发达的地区之一。

近年来，侯仰军到中国民间文艺家协会工作后，开始做民间文化遗产的抢救与保护工作。三年的时间，他到过20多个省、市、自治区，对节日文化、民族史诗、民歌、古村落保护等进行专题调研，撰写并发表了18篇学术论文和调研报告，呼吁全社会重视并保护中国的优秀民族民间文化。在学术研究上，他既从考古成果中探究历史真实，又从民间传说中探究历史真相。对麒麟的研究就是一例。麒麟是中国文化中的“瑞兽”，它是幻想中的神性动物，还是一种曾经的存在？侯仰军认为，说麒麟 “只是古代传说中的一种动物”，“现实中并不存在”，是站不住脚的。因为，在我国最早的成熟文字甲骨文和最早的诗歌总集《诗经》中，就有关于麒麟的记载，殷墟发现的可识别的甲骨卜辞中，多次出现麒麟；《春秋》和《孔子家语》中关于“西狩获麟”的记载，为我们提供了生动的例证；从古文献看，麒麟在商代之前的中原时常出现，西汉至北宋时也有麒麟的活动，只不过由于后世气候变化和人类猎杀，麒麟逐渐消失了。从现实存在的动物到传说中的动物，再到人们认为它只是传说中的动物，麒麟的故事反映出历史与传说之间的复杂关系。侯仰军对民间文化的研究虚实结合，可谓条理清晰。