加载中…
个人资料
  • 博客等级:
  • 博客积分:
  • 博客访问:
  • 关注人气:
  • 获赠金笔:0支
  • 赠出金笔:0支
  • 荣誉徽章:
正文 字体大小:

生物医学影像分析软件--ImageJ计算细胞数(转载)

(2011-01-06 00:03:49)
标签:

杂谈

分类: 细想
 
相信许多朋友也许也在找一种影像软体,可以自动帮你计算细胞数,比方说常常用使用4'-6-Diamidino-2-phenylindole (DAPI),或是用其它的抗体在做免疫染色(Immunohistochemistry Staining),要如何把影像的资讯数量化呢?最常用的就是计算染色的细胞数。那有没有软体可以自动帮你算细胞数呢?大概在90年中就有人在做这种影像分析,在2000年左右也有不少文章介绍各实验室自己开发的软体,也免费的提供下载。最近由猪排饭同学介绍一套软体ImageJ,是由National Institutes of Health (NIH)所开发免费且跨平台(windows、Mac、Linux都可用)的影像分析软体,试用一下觉得相当好用。请参考以下之教学: 
   
step 1. 下载安装ImageJ软体: http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html 或ImageJ下载
http://ggene.cn/html/protocol/ruanjianjiaocheng/2009/0421/284.html
请依据不同作业系统选择适合的版本 

step 2. 打开软体,再开启要分析的图片(File->Open)。
http://ggene.cn/uploads/allimg/090421/2222491U2-0.jpg


 

 





 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
step 3.
设定分析影像的阈值(Image->Adjust->Threshold,或快捷键Ctr+Shift+T)

http://ggene.cn/uploads/allimg/090421/22224a3I-1.jpg


 





 
 
 
 
 
 
 
 
 

 
step 4.调整阈值再按set决定。
http://ggene.cn/uploads/allimg/090421/22224a351-2.jpg


 





 
 
 
 
 
 
 
 
step 5.
选择analyze particle(Analyze->Analyze particle)
并且记得要选择summarize,才会有分析的结果。

http://ggene.cn/uploads/allimg/090421/2222491916-3.jpg


 





 
 
 
 
 
 

 
step 6.
分析结果,可以看到原图像的视窗会出现电脑判读的数据,summary会显示个数及分析影像的区域大小

http://ggene.cn/uploads/allimg/090421/2222492113-4.jpg



 


0

阅读 收藏 喜欢 打印举报/Report
  

新浪BLOG意见反馈留言板 欢迎批评指正

新浪简介 | About Sina | 广告服务 | 联系我们 | 招聘信息 | 网站律师 | SINA English | 产品答疑

新浪公司 版权所有