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飞在风中
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杂谈

分类: 细想
 
相信许多朋友也许也在找一种影像软体,可以自动帮你计算细胞数,比方说常常用使用4'-6-Diamidino-2-phenylindole (DAPI),或是用其它的抗体在做免疫染色(Immunohistochemistry Staining),要如何把影像的资讯数量化呢?最常用的就是计算染色的细胞数。那有没有软体可以自动帮你算细胞数呢?大概在90年中就有人在做这种影像分析,在2000年左右也有不少文章介绍各实验室自己开发的软体,也免费的提供下载。最近由猪排饭同学介绍一套软体ImageJ,是由National Institutes of Health (NIH)所开发免费且跨平台(windows、Mac、Linux都可用)的影像分析软体,试用一下觉得相当好用。请参考以下之教学: 
   
step 1. 下载安装ImageJ软体: http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html 或ImageJ下载
http://ggene.cn/html/protocol/rua
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杂谈

分类: 细想

ImageJ用来测距离的方式如下:把图片用加号放大(或放大镜选项),直到标尺可以看得清晰,选straight line selection (直线符号),测量标尺,然后 analyse里set scale打开,将known distance填上标尺的数据大小,unit for length里填上标尺单位,这个小窗口的scale后面便会显示每个单位长度是多少pixel。好,标尺已经重新量化好了,下一步是测量所要求的距离。还是选straight line selection (直线符号),在图片上精确拉直于具体要测量的部位之间,然后选analyse里的tool,在tool的下一步选项里选scale bar,这时会跳出一个窗口,可以选择自己想要的标记颜色,最后点ok。这样就ok了,在图片上会有一条标好数据的直线固定在测量位置上,可以和图片合为整体永久保存下来。

为什么一步步写下来呢?因为大约8个月以前我曾经使用过这个软件做测量,可是8个月后的现在,当我想做同样的事情的时候,沮丧的发现,我竟然完全忘记怎样操作了。结果一边痛苦的回忆,一边重新试软件里每一个功能,又在网上搜索,终于偶然间发现了正确的方法。高兴之余不敢再大意,不再想象着这么简单的事情我会记住的。虽然一时可以记住,却一定会再次忘记,所以写出来给自己留份记录。同时如

  

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