需要准备的试剂 氯仿、异丙醇、75%乙醇(用RNase-free水配制)、RNase-free的水
1.
匀浆处理(Homogenization)
直接取新鲜的血液,加入3倍体积红细胞裂解液,混匀后室温放置10分钟,10,000
rpm离心1分钟。彻底吸弃上清,收集白细胞沉淀。每100-200μl血液收集的白细胞沉淀加入1ml TRIzol。
2.分层(Phase Separation)
a.
样品加入TRIzol后,室温放置5min,使样品充分裂解。注:如不进行下一步操作,样品可放入-70℃长期保存。
可选步骤:4℃
12,000 rpm 离心10分钟,取上清。
如果样品中含有较多蛋白、脂肪、多糖或肌肉、植物结节部分等,可离心去除。处理脂肪组织样品时,上层是大量油脂,应除去。取澄清的匀浆溶液进行下一步操作。
b. 每1ml
TRIzol加入200μl氯仿,剧烈振荡混匀后室温放置3-5 min使其自然分相。
3.RNA沉淀(RNA
Precipitation)
a. 4℃
12,000rpm离心10-15min。样品会分成三层:黄色的有机相,中间层和无色的水相,RNA主要在水相中,把水相(通常可吸取550μl)转移到新管中。
注:小心吸取水相,千万不要吸取中间界面,否则将导致RNA样品中有DNA污染。
b.
在上清中加入等体积冰冷的异丙醇,室温放置10-20min。4℃ 12,000
rpm离心10min,弃上清,RNA沉淀于管底。
4.RNA漂洗(RNA
Wash)
a. RNA沉淀中加入1ml 75%乙醇(用RNase-free水配制),温和振荡离心管,悬浮沉淀。每1ml TRIzol加入1ml
75%乙醇。
b. 4℃
5,000-8,000
rpm离心1-2min,弃上清;短暂快速离心,用移液器小心吸弃上清,注意不要吸弃沉淀。室温放置1-2分钟晾干沉淀。
注:RNA样品不要过于干燥,否则很难溶解。
5.
溶解RNA(Redissolving the
RNA)
沉淀中加入50-100μl RNase-free水,轻弹管壁,以充分溶解RNA,-70℃保存。
注意事项
1.
经常更换手套。因为皮肤经常带有细菌,可能导致RNase污染。
2.
RNA在TRIzol试剂中不会被RNase污染,但在氯仿分相后的上清中已经没有了RNase的抑制剂,所以分相后的所有操作要特别小心,保证使用的离心管和枪头都是RNase-free的。
3.
RNase-free水的配制方法:将水加入干净的玻璃瓶中,加入DEPC至终浓度0.1%(v/v),放置过夜,高压灭菌;RNase-free的塑料和玻璃器皿处理方法:玻璃器皿可在150℃烘烤4小时;塑料器皿可在0.5M
NaOH中浸泡10分钟,然后用DEPC水彻底清洗,再灭菌,即可去除RNase。
6. 不同组织或细胞中提取RNA预期得率血液
(3-5 μg/ml 人全血).
RNA纯度及浓度检测
完整性 RNA可用普通琼脂糖凝胶电泳(电泳条件:1.2%胶;0.5×TBE电泳缓冲液;150v,15分钟)检测完整性。由于细胞中70-80%的RNA为rRNA,电泳后UV下应能看到非常明显的rRNA条带。动物rRNA大小分别约为5kb和2kb,分别相当于28S和18S
rRNA;植物叶片中由于含有大量的叶绿体RNA,可见4条或更多rRNA;细菌rRNA大小分别约为4kb和2kb,分别相当于细菌23S和16S
rRNA。RNA样品中最大rRNA亮度应为次大rRNA亮度的1.5-2.0倍,否则表示RNA样品的降解。出现弥散片状或条带消失表明样品严重降解。
纯度 OD260/OD280比值是衡量RNA样品中蛋白质污染程度的指标。高质量的RNA样品,OD260/OD280值(10mM
Tris,
pH7.5)在2.0左右。OD260/OD280读数受测定所用溶液的pH值影响。同一个RNA样品,假定在10mM
Tris,pH7.5溶液中测出的OD260/OD280读数在1.8-2.1之间,在水溶液中所测读数则可能在1.5-1.9之间,但这并不表示RNA不纯。
浓度 取一定量的RNA提取物,用RNase-free水稀释n倍,用RNase-free水将分光光度计调零,取稀释液进行OD260测定,按照以下公式进行RNA浓度的计算: 终浓度(ng/μl)=OD260×n
(稀释倍数)×40
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