森田疗法主要适用于治疗强迫症、恐怖症、焦虑症、抑郁、失眠症、书写痉李、疑病症、性功能障碍、酒精依赖、注意力不集中、发作性神经质、自主性神经失调等。早期的森田疗法主要治疗症状较轻的神经症和精神病，对强迫症和焦虑症特别有效。新森田疗法不仅限于治疗神经质症，其适应证在不断扩大。由于配合药物治疗及森田疗法的改进，森田疗法的适应证范围已经扩大到例如双相情感障碍、精神分裂症等症状较重的精神或神经功能疾病。在治疗慢性病、癌症的过程中，也可以考虑配合使用森田疗法。

     丁冬红等在2000一2001年做了一个对照组研究，控制组单纯使用药物治疗，处理组使用门诊式森田疗法配合药物治疗。结果显示，处理组治愈率比对照组高，有显著性差异。这表明森田疗法是适合门诊治疗神经症的有效方法之一。张俊峰(200？)采用住院式森田疗法治疗强迫症28例，结果痊愈20例，显著好转5例，无效3例。这提示住院式森田疗法对强迫症有明显的治疗效果。李净在2001~2003年采用住院式森田疗法治疗顽固性失眠68例（其中，神经症性失眠41例，失眠症26例，睡眠觉醒节律障碍1例)，有3例因不能坚持卧床而出院，65例症状得以减轻以至消除。采用PSQI评价，疗后总分及7因子分均显著减少，其中睡眠质量、催眠药物及日间功能治疗前后评分差异有高度显著性意义。而治疗前后评分变化最突出的是日间功能。经半年随访无1例出现病情复发，其中74%的患者再未服用安眠药，26%的患者仅短暂间断服药。这说明森田疗法对失眠可能是一种根治性治疗方法。