（１）遗传因素初步证据提示，特定恐怖症有家族聚集性，表明遗传因素在特定恐怖症的发病中也可能起一定作用。有一个２０００对女性双生子特定恐怖症的研究发现特定恐怖症有中等程度的遗传易损性。动物型特定恐怖症患者的一级亲属中有更多的特定恐怖症，也更可能是动物型恐怖症，但不一定是害怕相同的动物。各种焦虑障碍恐怖症患者的一级亲属中也有更多的情景型特定恐怖症。血－注射－损伤型特定恐怖症的遗传倾向最为明显，患者有高度的家族聚集性。患者常有血管迷走反应增强，这可能是此型患者晕倒的重要原因。

（２）不良信息传播父母或照看者告诉儿童某种动物或情景十分危险，反复警告他们切忽接近，有可能引起对所说动物或情景的严重恐惧，并发生恐怖症。媒体反复报告空难或其他交通意外事故，也有可能促发特定恐怖症。

（３）应激事件有些患者的发病明显与经历应激事件有关，这些事件多是严重的创伤性事件，有作者将这类事件称为恐怖特异性应激事件。例如，有的患者在自己被某种动物攻击后出现该种动物恐怖症；有的患者被陷在电梯后出现恐惧电梯；有的患者在看到他人被某种动物咬伤之后出现动物恐怖症。儿童期特定恐怖症延续至成人期，其原因可能与遗传因素有关，而成年期发生的特定恐怖症除与遗传因素有关外也可能与经历或目睹严重创伤事件有关。对特定恐怖症几乎还没有进行生物学研究，已经进行的研究也没有发现明显的生物学改变，只是发现血－注射－损伤型特定恐怖症患者常有明显的血管迷走反应。精神分析学说认为，恐怖症与外部刺激无关，而与隐藏的焦虑源有关。该学说认为，隐藏的焦虑源被阻抑在潜意识内，并通过替代物而依附于外部事物，恐怖的对象就是隐藏焦虑源的替代表现。认知行为学派认为特定恐怖症起源于联想学习。成年人的特定恐怖症可以以这种方式开始，在一次危险经历，如被恶犬追赶之后，出现怕狗。有些特定恐怖症可以通过观察学习获得，例如，儿童在看到母亲的恐惧反应之后而害怕某种物体或情景。认知因素包括对恐怖情景的恐怖性预期和选择性注意恐怖刺激。