东汉末年，曹操逐渐察觉司马懿“有雄豪志”，又发现他有“狼顾之相”，心里很忌讳。因此对曹丕说，司马懿不是甘为臣下的人，必会干预我们的家族之事。不过，虽然曹操、曹丕、曹叡这三位君主，都对司马懿有所忌讳和防范。但是，这三位聪明绝顶的君主，却都没有杀司马懿来以绝后患。最终，在通过高平陵之变，司马懿篡夺了曹魏大权，并由他的孙子司马炎取代曹魏，建立西晋王朝。

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首先，曹操之所以没杀司马懿，原因主要有两个。一是曹丕的竭力维护，俗语有云“虎毒不食子”，虽然曹操杀伐果断，但是，对于儿子竭力维护的手下，曹操如果没有确凿的理由，也是不好下手的。进一步来说，很可能是意识到曹操对于自己的忌惮，司马懿在曹操生前可谓小心谨慎，不给曹操抓住把柄的机会。

另一方面，曹操之所以不杀司马懿，原因是后者当时的官职太低，不能对曹魏造成什么威胁。在历史上，很多功高震主的武将之所以不得善终，直接原因就是其威望太高或者握有兵权，也即其拥有造反的能力。与此相对应的是，建安二十四年（219年），司马懿升任太子中庶子，佐助魏太子曹丕。在魏晋时期，太子中庶子只是一个五品官职，职责就是辅佐太子，侍从规谏，奏事文书。因此，在曹操生前，司马懿不仅官职较低，而且既不能像丞相、尚书令一样参与朝政，也没有一兵一卒的兵权，所以对曹魏构不成什么威胁。基于此，曹操即便心理忌讳，也没有做出除掉司马懿的决定。

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其次，就曹丕来说，之所以不杀司马懿，原因也分为两个方面。一是自己能够在和曹植的较量中取得胜利，司马懿辅佐有功。所以，等到曹丕登基称帝后，就对司马懿下手的话，无疑是在卸磨杀驴，甚至会让手下的文臣武将寒心。毕竟司马懿鞍前马后，也没有什么明显的过错。

另一方面，曹丕需要司马懿这样的士族势力，以此制衡曹魏宗室。曹丕在位期间，不仅对曹植、曹彰等兄弟严加看管，也对曹真、曹休、夏侯尚等掌握兵权的曹魏宗室有所防范。在此背景下，司马懿、陈群等士族势力，自然获得了曹丕的重用，以此来对曹魏宗室势力进行平衡，避免出现一家独大的局面。

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最后，就魏明帝曹叡来说，因为一流曹魏宗室名将的逐渐凋零，曹叡必须仰仗司马懿来抵御蜀汉和东吴的进攻。太和二年（228年），也即魏明帝曹叡在位的第二年，大司马曹休在魏吴石亭之战中大败，不久因背上毒疮发作而去世。太和五年（231年），大司马曹真也因病去世。因此，曾经跟随曹操征战沙场的曹氏、夏侯氏名将，基本上都在曹叡在位前后去世了。在此背景下，蜀汉和东吴又多次兴兵攻打曹魏，比如诸葛亮第一次北伐中原，就让曹魏差一点丢掉陇右地区。基于此，司马懿这样可以抵挡蜀汉和东吴的名将，如果被曹叡杀掉的话，无疑会让蜀汉和东吴坐收渔翁之利。

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进一步来说，司马懿除了防御蜀汉丞相诸葛亮的北伐，还攻灭公孙渊，帮助曹魏平定了辽东地区，体现出自己对于曹魏的重要价值。