关于台湾少数民族的来源，主要观点有三种，第一种认为是中国大陆百越民族中闽越的一部分；第二种认为是来自菲律宾、婆罗洲诸群岛的马来人；第三种认为主要源于闽越，在历史发展中又先后融合进了来自琉球群岛、菲律宾、婆罗洲及密克罗尼西亚诸岛的移民，各种移民交相融合。多源说较易为现今的学者所接受。

　　1970年，台南县左镇乡发现了一块人类头顶骨化石残片，时间距今约二到三万年前，属于旧石器时代后期的遗物。以后又陆续发现了6件人头骨片化石，被定名为“左镇人”，这是迄今被发现的最早台湾居民，与北京周口店的山顶洞人有亲缘关系，应该是从大陆移居台湾的。新石器时代如圆山文化时代和卑南文化，与大陆东南沿海的新石器文化有共同之处，即都有绳纹特征。有学者认为圆山文化的创造者是从大陆移居台湾的。

　　史载，三国时吴国孙权于公元230年派将军卫温、诸葛直率甲士万人航海到达台湾岛，并带回当地居民数千人，这是见于正史记载的大陆政府第一次经略台湾。东吴丹阳太守沈莹据此著《临海水土异物志》一书，说当时的台湾先民各有部落统属，使用石器和骨器，种植五谷，兼营渔业。有纺织业，能作细布，并饰以花纹。以粟为酒，唱歌娱乐，有猎首及已婚女子凿去前齿的习俗，与大陆浙南闽北一带的“安家之民”颇为相似。

　　610年，隋炀帝令虎贲郎将陈稜和朝请大夫张镇周率军万余渡海到台湾抚谕，最后载50户台湾居民而还。依据此次实地考察，《隋书·流求国传》对台湾作了较详实的记载。当时台湾社会组织为原始公社制，公共事务民主议定，人皆平等。台湾与大陆的民间交流活跃，隋军船队到达时，台湾居民误以为是商旅船队，主动到隋军中交易。

　　唐宋时，不少大陆人移居澎湖、台湾本岛从事开发。南宋时，中央政府正式将澎湖诸岛隶属于福建省晋江县管辖，澎湖被纳入大陆版图。元朝政府在13世纪后期，设隶属于泉州路同安县的澎湖巡检司以管理澎湖、台湾等岛屿的民众，这是台湾本岛第一次被纳入中央政府的直接管辖。

　　1624年，进攻大陆遭挫的荷兰殖民者转而在台湾南部建立了台湾城、赤嵌城作为据点。1626年，西班牙殖民者侵入台湾北部，筑鸡笼城、淡水城为据点。1642年，双方在淡水决战，荷兰获胜，独占台湾。荷兰人修建教堂，开办学校，牧师充当教师。在经济上强征田租、人头税和其它各种苛捐杂税，并从事不等价的商业交换。

　　明末，民族英雄郑成功从荷兰殖民者手中收复台湾。郑氏招大陆东南沿海的汉民移居台湾，从事各种经营开发；免徭役；开办学校，令台湾少数民族子弟入学读书。这是大陆军民第一次大规模地移居台湾。

　　1683年，清朝出兵收复台湾，将台湾正式并入清朝版图，并设立台湾府和台湾、凤山、诸罗3县，后又增设彰化县和淡水、澎湖、噶玛兰3厅，光绪十一年（1885）清朝将台湾府升格为省级行政机构。

　　1894年中日甲午之战后，台湾被清政府割让给日本。日本侵略者掠夺了台湾2/3以上的土地和几乎所有的森林产权，对生活必需品实行高价专卖，对土特产实行低价专买制；在文化上实行殖民教育，推行“皇民化”运动，强迫学日语，甚至强迫高山族改换日本的姓氏。

　　台湾光复前，高山族内部带有原始社会性质的部落组织保存得比较完整，有父系氏族、母系氏族、泛血统群为基础、以贵族宗家为中心、以“祭祀”为目的的多种社会组织形式。

　　抗日战争胜利后，国民政府接收台湾。

    近20年，后工业社会意识在台湾兴起，掀起了一股回归自然、回归传统的热潮，生态观光旅游一时成为时尚。传统部落组织已完全解体，物质文化现代化、民族语言的流失，高山族食物结构、饮食基本与附近汉民相同。