此后，众人将这三处讲堂统称为“万木草堂”。但邝氏祠和仰高祠今已不存，所以，今天在广州说起“万木草堂旧址”，一般指的都是邱氏书室。

　　邱氏书室属“姓氏书院”。清代广州城内有数百家姓氏书院，却都不是“课艺之所”。清初广东民间组织保留强烈的反清意识，清朝统治者为“防微杜渐”，严禁广东建合族宗祠。为避开这一禁令，广州大多数合族宗祠易名为书院、书室或试馆，但宗祠的祭祀功能和作用丝毫未变。

　　邱氏书室由增城举人邱觉黄在1804年倡议，经由“广东十府十州八十县”的邱姓决议，于1808年始建。书室为三间三进、两天井、硬山顶的祠堂式建筑。碌灰筒瓦，两边保留有部分灰塑，青砖墙石脚，砖木结构，面阔三间，深三进，面积约为663平方米。门额上刻有“邱氏书室”四个大字。

　　康有为租赁邱氏书室后，参照其师朱次琦礼山草堂的成规，手撰《长兴学记》以为学规。在德育方面，提出格物、厉节、慎独、养心、习礼、检摄威仪、敦行孝悌、崇尚任恤、同体饥溺等中国传统的道德训诲。在智育方面，提出义理、经世、考据、词章以及礼、乐、书、图、枪等方面的知识要求。康有为讲课虽不可能完全摆脱科举考试的影响，完全取消时文帖试的内容，但却介绍了西学以及别开生面的孔子改制、大同之世诸说，使厌倦了旧式书院、渴求新知的青年士子感到新鲜，相率而至。

　　康有为讲学重“今文学”，讲课内容，涉及汉、唐、两宋政治、世界大势、列强压迫等。每论一学、论一事，必上下今古，并引欧美事例作比较证明。他最爱讲、学生也最爱听的是“学术源流”，历举儒、墨、法、道等所谓九流的源流派别，于汉学、宋学、诗词、书画等亦然，一讲就是四五个钟头。

　　康有为讲课还有一项重要内容，就是“大同之学”。梁鼎芬与康有为反目后在《康有为事实》中说：“其宗旨以‘大同’二字为主……创为化三界之说：一化各国之界，谓世间并无君臣之义，此国人民与彼国人民一样……一化贫富之界，富人之财皆常与贫人公用……一化男女之界，谓世间不必立夫妇之名……是之为‘大同’。”虽用语意含贬损，但实质与康有为死后8年才出全印本的《大同书》吻合，可证康有为在长兴学舍所讲的“大同学”，已包括这些惊世骇俗的激进内容。