十足的菜鸟一只，刚接触gromacs没几天，只会了一点皮毛的东西，但是从完全不会到会了皮毛，也足够使某只菜鸟乐颠颠了～～！
    学的时候，参照了分子模拟论坛里很多内容，但发现大多都建立在懂linux的基础上（说错了咩？我真滴是这样理解滴。。。），虽然看了，可我还是不知道从何入手，就像一个完全不懂电脑的人，你让他用word写篇文，首先得告诉他怎样开电脑，怎样找到word，怎样打开word，又怎样切换到中文输入法才可以吧？于是，决定写篇入门小总结，留个纪念。

一、分子模拟一般步骤：
1、选软件：根据目标、所需力场决定。
  “目标”：查阅相关文献，看文献中用这个软件干了什么，得出了什么样的结果，而这些作用和结果对于自己是否适用。简单地说，即为寻找相似度。
2、具体模拟时：
（1）输入文件。文件中包含初始坐标、条件等。
     参数文件。描述力场等。
     体系大小。由选用的box大小决定，box的大小依据具体题目要求设置。
（2）能量最小化。去除接触应力。
（3）平衡模拟。要在平衡条件下。
（4）完全模拟。运行足够长时间，保证数据的可重复性。
（5）数据分析。

二、gromacs入门
1、linux环境下安装并运行。首先熟悉linux环境和基本语言命令。下面列出目前自己用到的一些命令。
   ls：列出当前目录中的文件与目录    ls -l：常列表格式。列出当前目录中的所有文件，包括当前目录（.）和父目录（.），包括长度、拥有者和权限。
   cd：打开某个子目录。              cd..：上移一层目录。
    其实我觉得ls、cd两个命令就够用了。
    另外，linux命令行MS是区分大小写的，所以书写的时候要多加注意。
2、linux不同于windows系统，它是一种开发环境，所有操作都可以甚至必须在命令行中完成，这样在方便用户使用的同时，也给初学者带来了一定的难度。
   windows下，一般软件的下载安装都很简单，只用点开setup.exe文件，然后一直“下一步”就可以了。而linux不同，安装gromacs着实让我很费神！怨念啊啊啊……由于不了解linux语言系统，且gromacs下载包里并没找见setup.exe文件，只有一些没见过的符号后缀名，根本无从下手。于是，劳烦大牛师兄帮忙安装。一顿折腾后，终于安装完成。颠颠儿收拾完就回去了～第二天打开电脑，进入linux系统下，竟无从着手，不知怎样开始。后来师兄说，gromacs里有个例子，可以先照着这个例子熟悉流程。于是，我开例子！！
    例子在gromacs/tutor/gmxdemo文件下，名为demo。什么都不用做，只用不停Enter就可以了。每一步都有说明，大致看一下有个印象就好，初学者仔细看也看不出什么深入的东西的。我在运行例子的时候也遇到了困难，只要碰到需要新跳出窗口的时候，窗口是蹦出来了，可是窗口里却写着：command not found...怒啊。。不懂，估计是因为linux环境设置的问题，于是去找师兄，师兄说是因为路径的什么问题，当时听得MS有点懂，后来便忘了，其实我还是不明白啊啊。师兄帮忙修改了一下linux后，例子便能正常运行了。其实，关于linux环境设置的问题，gromacs文件包里也有说，在gromacs/share/gromacs/html/online文件夹下，getting_started.html文件。还有一个自带的资料，在gromacs/share/gromacs/html文件夹下的online.html文件，其中有讲到使用gromacs的流程图。开始的时候结合着例子看，能加深理解。最好自己也能根据自己的理解顺手画画，开始的时候未必全面，随着自己运行例子，不断修改完善。
    例子的运行，主要是告诉我们gromacs模拟的具体流程怎样。接下来，我们要学会自己编写简单的流程命令。利用gromacs自带的例子中的文件，自己编写。

    这里，可以参照论坛里maplem的帖子《 [原创]从零开始学GMX》，写得很详细也很实用：http://www.mdbbs.org/thread-9940-1-1.html
    另外，再给一个一步一步教会我的资源，windows live的博客：http://armadillocommander.spaces.live.com/blog/cns!44C70E557429F5BA!5135.entry
    结合着看就可以了，学着自己完成这个例子不成问题。
    根据windows live博客里的内容，稍微结合我自己的理解，整理了下完成这个例子所需的命令，具体的命令代表的意义可以翻阅手册：
    首先打开至gromacs/share/gromacs/tutor/speptide目录下，“文件”—“在终端中打开”，（原因：所需pdb文件在这个子目录下，这牵扯到什么绝对路径的问题，不懂）
    然后：
（1）由pdb文件生成.gro（结构文件）和.top（拓扑文件）：
     $ pdb2gmx -f speptide.pdb -p speptide.top -o speptide.gro
（2）装入盒子：
     $ editconf -bt cubic -f speptide.gro -o out.gro -c -d 0.5
     $ genbox -cp out.gro -cs -p speptide.top -o b4em.gro
（3）能量最小化：
     $ grompp -v -f em.mdp -c b4em.gro -p speptide.top -o em.tpr
     $ mdrun -v -s em.tpr -o after_em.trr -c after_em.gro
（4）束缚的分子动力学优化：
     $ grompp -f pr.mdp -c after_em.gro -r after_em.gro -p speptide.top -o pr.tpr
     $ mdrun -v -s pr -e pr.tpr -o after_pr.trr -c after_pr.gro >& pr.job &
   注：>& pr.job & 个人理解，这个命令代表新建一个 pr.job 的文件，并将步骤记入这个文件中。
      可以通过输入 $ tail -f pr.job 查看进度。
（5）无束缚条件下的完全动力学模拟：
     $ grompp -v -f full.mdp -o full.tpr -c after_pr.gro -p speptide.top
     $ mdrun -v -s full.tpr -e full.edr -c after_full.gro -o full.trr >& full.job &
（6）查看结果：
     $ ngmx -s pr.tpr -f full.trr

over~~!cheep up~and go on!