到了1999年，“每个人都在做着互联网” Banerjee回忆说，“我想，我有一个真正的技术，我应该可以做一些事情。”
    Banerjee 对开办一家公司一无所知。但是有着童年事情自学经历的他，第一个冲动就是求助于书籍。他花了6个月的时间学习，然后开始撰写他的商业计划，并寄给了很多的风险投资人。很快，他就从美国东部的一家公司得到了2百万美元的投资。这个风险资本家让Banerjee开始雇人，租赁办公室，购买电脑，因为这笔钱马上就到。Banerjee做了所有这些事情，并且保留了芝加哥的一名律师代表公司。到2000年底，他预订了感恩节后第一天的机票，准备去东部签署相关文件。
    然而就在感恩节的前一天，那家公司退出了交易。

    度过了他记忆中最糟糕的感恩节后，Banerjee决定继续创业。他拿出第二次房屋按揭贷款来支付账单，并开始针对客户的需求来销售产品。人们告诉他这是一个好主意，但却偏离了目标。他为DARPA所做的工作只适合于国防，在商业领域却丝毫没有用武之地。于是，Banejee和他的团队开始进行一些修改。同时，他开始经常去硅谷出差，与对其产品感兴趣的公司进行接洽。
    如果他担心，他不会表现出来。曾在这家创业公司工作，后成为西北大学研究生的David Zaretsky说，“你无法知道什么事情在困扰他。他始终保持着冷静和镇静。”
    2001年2月，Banerjee得到了一个订单，客户承诺在3年内支付2百万美元。有这个合同在手，他能够吸引新的风险投资公司为他的公司（取名为AccelChip）提供资金。为了让公司发展起来，他离开西北大学一年时间。AccelChip编译器在2002年诞生，早期客户包括Elixent、摩托罗拉，以及QuickLogic。四年后，Xilinx公司以数目不详的价格购买了AccelChip公司，传言为大约2100万美元，其中大部分返还给了投资人。
    Banerjee于2002年9月回到西北大学，但他还继续担任着AccelChip公司的首席科学家直到被Xilinx收购。在硅谷，教授横跨商界和学术界很常见，但在芝加哥则不然。“我就是白老鼠，”Banerjee说。随后，另外9或10位西北大学的工程学教授追随了他的脚步。

    到了2004年，闲不住的Banerjee开始申请工程学院院长职位。有三所学校向他发出了邀请：爱荷华州立大学，约翰霍普金斯大学和伊利诺伊大学芝加哥分校（UIC）。他接受了约翰霍普金斯的工作，但是他的家人对在儿子读高中的时候搬家很犹豫。Banerjee因此去了UIC，另一所没有一流工程学课程排名的学校。
    再一次，Banerjee和他的教师们一齐制定了一个战略计划。对他们很多人来说，这真是让人大开眼界。“大多数大学的战略计划有5页或10页长，”彼得尼尔森说，他时任UIC的系主任，现在是院长。“Prith把我们20到25个人每周几天、每天几个小时锁在一个房间里，然后，我们提出了一个256页的详细计划。”
    Banerjee再一次推动了进行少数大规模研究项目研究的想法。同时，他收到来自其他大学的邀请。2007年，当他的儿子高中毕业，Banerjee开始认真考虑这些邀请。“我希望在学术上有更多的成就，”他说。他正在考虑教务长，甚至校长。