南靖土楼景区与永定土楼景区在武夷山南段余脉东侧的博平岭山脉东西两侧，两者相距约20多公里。永定土楼景区在龙岩市永定区，属汀江（韩江支流）上游支流漳溪流域。南靖土楼景区在漳州市辖南靖县，属九龙江上游支流船场溪流域。受梅林断裂带影响，褶皱地貌峰谷交错，山多地少，距海岸线约百公里。