马蹄寺石窟最早建于晋代，是敦煌人郭瑀及其弟子所凿，先为郭的隐居讲学处，后人扩而大之，增塑佛像，鼎盛时期有僧从三百多人。到了明朝永乐年间改名为普光寺，寺内原存的金鞍、龙袍系清代乾隆所赐御物。马蹄寺石窟由于历史悠久，同敦煌的莫高窟、安西的榆林窟齐称为河西佛塔胜地的三大艺术宝窟。
马蹄山东面入口处的悬崖间，凿有许多龛洞，这就是千佛洞。洞窟的始凿于北梁时期。现存窟龛依山崖走势自然分为南、中、北三段；南，中两段以佛窟为主，北段是浮雕石塔林。这些石塔一般由塔座，塔身，须弥座，相轮，刹盘和塔顶构成。这是本地石窟艺术的一大突出特点。

古往今来，历史上不少帝王将相和文人墨客，在马蹄寺都留下了许多踪迹和诗章。如今，留在普光寺的天马神迹，薤谷石室，八功德水井，高王古墓，单于王古城，自然形成的孔雀石绿度母石像装藏绿度母塑像，自然形成的马头明王玛瑙石装藏的马王塑像，斩断孽龙的七星智慧利剑装藏的佛塔，以及观世音菩萨，二郎神和格萨尔王的美妙传说，都给我们留下了许多优美的遐像。西藏、青海等地藏族信教群众和从事佛教教业者，称马蹄寺为"卓玛让像"，即菩萨自然出现的地方，若一生没来马蹄寺朝拜，会感到终身遗憾。
 
　　明人有《咏马蹄寺》七律一首
　　古刹层层出上方，云梯石蹬步回长。金神宝相莲开座，玉梵清音月近床。
　　茶沸烟腾禅出空，花飞泉落水流香。逢僧共说无生活，回首音尘意自忙。
马蹄寺石窟群，从东晋郭某和他的弟子在那里开凿以来，历经北魏，北周、隋、唐、宋（西夏）、元、明、清、民国，有1600多年的历史了，它是我们甘肃悠久历史和无数能工巧匠的心血和聪明才智的历史见证。