中国闽台缘博物馆是反映祖国大陆（福建）与宝岛台湾历史关系的国家级专题博物馆，座落于中国历史文化名城泉州市区西北侧，北倚国家级风景区清源山，南接风景秀丽的西湖之畔。
第一部分为“远古家园”，分“陆桥相连”、“史前文化”二个单元。重点告诉观众的是，福建与台湾，一水相连，民众往来有地缘相近的优势。他们共同创造了灿烂的史前文化，开辟远古的家园。这部分以砂岩材质模型再现远古时期海峡陆桥相连，古人类、古动物互相迁徙的地貌景观。同时，以单体展柜、大通柜照片、灯箱等展示闽台史前四个文化类型的考古实物资料，印证了闽台的“地缘”关系。
第二部分为“血脉相亲”， 分“闽越东徙”、“大陆民众迁台”二个单元，介绍了自古越族开始的各个历史时期，东南沿海民众纷纷移居台湾的情况，而到台湾后，他们通过修族谱，建宗祠，修祖厝、寻根认祖等活动与祖籍地保持联系，并以祖籍地名作为在台定居地的名称，以激励子孙勿忘故土。
第三部分为“隶属与共”，反映闽台间的“法缘”关系。这部分是这个陈列的灵魂和重点。内容上以“早期经略”、“府县初设”、“清初统一”、“台隶闽省”、“台湾建省”、“回归祖国”等实物图片组合，雄辩地阐述台湾自古以来就是中国的领土。这个展区的展墙、展柜等，由黄色琉璃顶、红色宫墙、青石墙基组成，象征历史上中央政权对台湾的统辖，与内容相和谐，视觉上产生了庄重、宏伟的气魄和效果。这一部分的另一版块，反映的是“共御外侮”，运用现代展示手段，以一曲曲可歌可泣的英雄业绩向观众进行爱国主义的教育。
第五部分为“文脉相承”， 由闽台两地方言国语、科举考试及戏曲、民间艺术四个单元组成，展示海峡两岸文脉相承、同礼同俗。利用影像技术手段,再现了当今台湾祭孔的全过程。这部分在设计上还留出大空间，大比例塑造“古戏台”，演示民间演艺节目，气势宏大。
第六部分为“诸神同祀”， 主要通过展示两岸道教信仰、佛教信仰和民间信仰的情况，揭示闽台人民的信仰同流。在这一部分，展览了大量闽台人民共祀的神像，配以从福建分灵的台湾宗教寺庙及福建祖庙的图片加以比较，让人们认识到台湾民众宗教信仰是其祖先祖籍地信仰的沿袭，是福建移民心中故乡文化的代表。