1、  什么是DNA甲基化

DNA甲基化是一种发生在DNA序列上的化学修饰，可以稳定地在转录及细胞分裂前后遗传，DNA甲基化是重要的表观遗传代码。

在哺乳动物中，大约60%-90%的CpG二核苷酸是甲基化的。CpG中的p代表链接脱氧胞嘧啶和脱氧鸟嘌呤核苷的磷酸基团。

在哺乳动物细胞中，DNA甲基化主要发生在CpG二核苷酸中胞嘧啶的第五个碳原子上，这样的胞嘧啶也叫做5-甲级-胞嘧啶。

DNA甲基化影响转录的机制：DNA甲基化阻碍转录因子的结合，DNA甲基化识别染色质标记，DNA甲基化募集其他蛋白引起染色质沉默，DNA甲基化影响核小体定位。

2、CpG岛的定义

CpG岛的定义，长度最短为200bp，GC含量至少50%，CpG O/E 最小0.6，位于基因启动子上。

3、  CpG岛的生物信息预测

方法一、EMBL→Services →A to Z → EMBOSS tools →CpGplot

（http://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot/）

Copy入待研究序列 →submit

http://s16/mw690/001HHwRSzy6T0wTQisv7f&690
http://s16/mw690/001HHwRSzy6T0wW0y51df&690


CPGPLOT islands of unusual CG composition

EMBOSS_001 from 1 to 4000

     Observed/Expected ratio > 0.60

     Percent C + Percent G > 50.00

     Length > 200

 Length 637 (2783..3419)

第二种方法：Softberry CpG Finder Program

（http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=cpgfinder&group=programs&subgroup=promoter）

4、  甲基化的预测

DNA甲基化和一些DNA序列上的特征相关，如重复序列Alu可以导致DNA甲基化的蔓延，而转录因子Sp1的绑定可以阻止DNA甲基化的蔓延【参考文献12】

http://s1/mw690/001HHwRSzy6T0wYNxcI50&690

影响DNA甲基化的四种显著的组蛋白修饰

http://s4/mw690/001HHwRSzy6T0x2yucje3&690

5、  甲基化检测方法

①   亚硫酸氢钠法（sodium bisulfite）

②   甲基化敏感的限制性内切酶法

③   基因表达阵列法