利用ensemble 和 ucsc 查询真核基因启动子序列
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佛学 |
第一种方法:UCSC
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/)
http://s8/bmiddle/001HHwRSzy6T06a3vZZc7&690和
点击菜单栏中Tools →Gene Sorter
http://s12/mw690/001HHwRSzy6T067vnUD4b&690和
Genome 中选择物种(包括人,小鼠,酵母,线虫,果蝇)例子中选择Human,search框中键入试图查询的基因名,例子中键入CCKBR,Go!
http://s11/mw690/001HHwRSzy6T067OxE6da&690和
选择第一个,点击sequence
http://s11/mw690/001HHwRSzy6T06pjoKu5a&690和
我们可以通过以上四个选项获得该基因的蛋白,mRNA,promoter以及基因组序列信息,我们这里关注的是promoter,选中包含转录起始位点上游3000bp,下游1000bp碱基
http://s6/mw690/001HHwRSzy6T067DAsl65&690和
第二种方法 ensemble
Ensemble (http://asia.ensembl.org/index.html)http://s7/mw690/001HHwRSzy6T06x2gZwe6&690和
选择物种为human,键入基因名 CCKBR GO!
http://s1/mw690/001HHwRSzy6T06ysyK4b0&690和
选取基因 CCKBR(Human Gene)
点击左上角的sequence
http://s15/mw690/001HHwRSzy6T06zvl3o1e&690和
显示的序列橙色区域的为外显子,第一个外显子前的序列是启动子,默认为600bp,设置一下。点击左侧configure this page设置需要的启动子长度,保存
http://s1/mw690/001HHwRSzy6T06KYaB2e0&690和

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