家有过敏儿是父母头痛的问题，病程上表现为长期反复性的发作，过敏来源有可能是食物过敏，吸入性过敏原，如家尘螨或其他呼吸道病毒等。表现方式在婴幼儿多为奶类蛋白过敏引起之异位性皮肤炎及肠胃道症状；食物过敏在大小孩则较常以全身性症状表现(皮肤和呼吸道如气喘)；吸入性过敏原则较常以呼吸道疾病表现。

新生儿的胃肠道是无菌的，但经过一整年之后会殖满了许多微生物。这些微生物的来源有：产道、怀孕期母亲所摄取的食物、生产方法（自然产或剖腹产）、怀孕的周数、营养的来源（母奶或配方奶）、抗生素的使用等。而大肠则是微生物繁殖的主要位置。这些微生物的种类超过五百种，其中包括了类细菌结构、乳酸菌、肠杆菌、链球菌、bifidobacteria、梭状芽孢杆菌等等。在产后初期，这些微生物与先天及后天性免疫力的活化作用有关：胃肠道中无微生物的动物，其胃肠淋巴细胞会减少，免疫球蛋白种类不足。而带有共生微生物繁殖存在的胃肠道会使免疫球蛋白增加、产生自然抗体、使免疫细胞在消化道黏膜渗透浸润以及在Peyer淋巴小结生发中心的形成。在胃肠道黏膜共生的微生物有助于寄主的保护性黏膜屏障，其藉由抑制致病微生物的繁殖及侵入人体。共生微生物经由竞争性抑制、限制病原体接进入、营养物、新陈代谢基质的产生。 胃肠道黏膜屏障的破坏会导致抗原运输以及显露量增加、引起致敏作用而产生过敏疾病。检查过敏孩童的排泄物显示益菌的生长有延迟。过敏孩童与非过敏孩童胃肠道微生物的比较：非过敏性患者---乳酸菌以及bifidobacteria较为常见 、过敏性患者---金黄色葡萄球菌较为常见 。

许多研究已证明瞭益生菌可以应用在过敏疾病的预防及辅助治疗。2001 年的一篇论文指出，对过敏高危险群孕妇及其新生儿在周产期给口服乳酸菌各一个月，可将宝宝湿疹的比率从四十六％减少到二十三％。且没有观察到任何的不良反应。研究追踪更发现，这群小孩在四岁时气喘及过敏性鼻炎的发生率也明显下降。国内也有类似的研究，且孕妇的过敏性鼻炎或痒疹也同时获得改善。在宝宝出生后的照顾方面，喂母乳至少四个月，并配合妈妈避免食用高致敏性食物，可以减少婴幼儿湿疹的发生（四十七％降到十五％）。服用乳酸菌可以有效减少过敏抗体，并减少肠道中坏菌的比率。连续使用四个月的乳酸菌，也可以使先天缺乏γ-干扰素的人（像是部分过敏体质的人）增加分泌。此外服用乳酸菌也可以使血中的IL-10(一种Th1组织介素) 增加 、减少过敏。