Circos可以用来画基因组数据的环状图，也可以用来绘制其它数据的相关环状图，功能甚是强大，各种环状的叠加，很是美观。

 http://circos.ca/intro/genomic_data/img/circos-conde-nast.png

开始学习circos，论坛上关于circos的教程http://www.plob.org/2011/12/18/1187.html，给我很大的入门体验。

1. 安装Perl

运行circos需要Perl来编译其各种code，unix环境默认安装Perl的，而对于windows用户来说，需要自己安装，也可以通过Perl –v 确认是否已安装。可以安装 Strawberry Perl或者ActiveState Perl都可以通过CPAN shell来安装模块。

2.安装Perl modules

运行Perl 需要将以下modules都安装起来

Config::General (v2.50 or later)

Font::TTF

GD

List::MoreUtils

Math::Bezier

Math::Round

Math::VecStat

Params::Validate

Readonly

Regexp::Common

Set::IntSpan (v1.16 or later)

Text::Format

我们通过安装Perl 的CPAN shell 来安装，打开CPAN client输入以下命令依次安装以上模块

>get Config::General

>make Config::General

>install Config::General

其它模块类似安装。

3. circos安装和运行

1)下载安装文件

在http://www.circos.ca/software/download/circos 页面下载circos安装文件。比如Circos-0.63.tgz. 把此压缩文件解压，放到我们想安装的地方，比如D:\Circos-0.63，里面所对应的文件如下

circos-0.63

  CHANGES

  README

  TODO

  bin/

  etc/

  fonts/

  lib/

  tiles/

  tools/

2)下载tutorials

在http://www.circos.ca/software/download/tutorials 页面下载 circos tutorial文件，比如circos-tutorials-0.63.tgz , 将其解压，把所有文件放到D:\Cicos-0.63下。

data/

  tutorials/

在windows下进入命令行，界面：

>d:

>cd Circos-0.63

>perl bin\circos –conf tutorials\2\2\circos.conf

以上就可以直接运行教程当中的例子

 http://s13/mw690/5c2f929bgd6358bb5d76c&690

perl bin\circos -conf tutorials\2\2\circos.conf -outputdir . -outputfile tutorial_image.png