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博文
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python

分类: 生物信息学
读取fasta格式的例子FastaRead.py
输入的test.fa格式为
> A001 1
ACTGTTT
CCTGGAC
>A002 1 
CCGGGT
CCAAGG

输出为out.fa格式为
The name is A001
seq is ACTGTTTCCTGGAC
The name is A002
seq is CCGGGTCCAAGG

(2013-02-21 13:36)
分类: 生物信息学

Circos可以用来画基因组数据的环状图,也可以用来绘制其它数据的相关环状图,功能甚是强大,各种环状的叠加,很是美观。

 http://circos.ca/intro/genomic_data/img/circos-conde-nast.png

开始学习circos

(2010-03-17 15:12)
标签:

杂谈

分类: 分子结构知识
最近做对接,遇到一些问题,看到一些博文很好,解答了我不少疑问,转过来,以备用
博主真的很用心~~~

如何选择最好的pdb蛋白结构做分子对接
http://hi.baidu.com/dluthm/blog/item/812e46f24a8cf6a5a40f52bc.html
小弟最近准备对某种蛋白分子做分子对接,结果上pdb上一搜索发现同一蛋白居然有近10个,有的98年发表的,有的02年发表的,如何比较和选择最好的来做对接呢? 是该看resolution还是看别的什么?有没有什么软件可以比较那个晶体结构要好些?多谢大家指教。

arphylee 发表于 2009-3-30 16:31

我都是选择配体和我计算的比较相似的。还有就是蛋白侧链完整的。
另外就是仿照文献中的。

captain 发表于 2009-3-30 16:56

回复 楼主 winner_dk 的帖子

首先先找最权威的杂志吧
另外看结构解析得怎么样 选解析得最全
  

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