最近做对接，遇到一些问题，看到一些博文很好，解答了我不少疑问，转过来，以备用
博主真的很用心~~~

如何选择最好的pdb蛋白结构做分子对接
http://hi.baidu.com/dluthm/blog/item/812e46f24a8cf6a5a40f52bc.html
小弟最近准备对某种蛋白分子做分子对接，结果上pdb上一搜索发现同一蛋白居然有近10个，有的98年发表的，有的02年发表的，如何比较和选择最好的来做对接呢? 是该看resolution还是看别的什么？有没有什么软件可以比较那个晶体结构要好些？多谢大家指教。

arphylee 发表于 2009-3-30 16:31

我都是选择配体和我计算的比较相似的。还有就是蛋白侧链完整的。
另外就是仿照文献中的。

captain 发表于 2009-3-30 16:56

回复 楼主 winner_dk 的帖子

首先先找最权威的杂志吧
另外看结构解析得怎么样 选解析得最全的
当然resolution还是要高点

leffe 发表于 2009-3-31 05:15

补充一点：相同的蛋白，不同的pdb文件，蛋白的conformation可能不一样。做分子对接的时候就应该考虑protein flexibility。用不同conformation的蛋白，得出的结果可能完全不一样。

flyingcity 发表于 2009-3-31 09:04

选择跟自己研究的生物蛋白相同的蛋白(有时同一种名称的蛋白来自不同的生物),选择高完整性,高分辨率的蛋白,选择结合位点温度系数较低的蛋白,选择有药 物配体形成复合物的蛋白(结合口袋已打开,容易进行柔性配体-刚性受体对接,即使对柔性配体-柔性受体也很可能减少到达平衡的运算时间)

flyingcity 发表于 2009-3-31 09:05

选择 跟自己研究的生物蛋白相同的蛋白(有时同一种名称的蛋白来自不同的生物),选择高完整性,高分辨率的蛋白,选择结合位点温度系数较低的蛋白,选择有药物配 体形成复合物的蛋白(结合口袋已打开,容易进行柔性配体-刚性受体对接,即使对柔性配体-柔性受体也很可能减少到达平衡的运算时间)

xxyiyi 发表于 2009-4-16 15:04

谢谢了~~学习了:lol:
那么有些实验不同，例如有X-ray，或NMR的，这个有什么区别的吗？如果选的话，哪个更好一点呢？

dgq_81 发表于 2009-4-16 19:34

回复 7楼 xxyiyi 的帖子

应该选择分辨率尽量高的

0444909yuan 发表于 2009-4-17 16:37

首先 根据蛋白来选择，一般蛋白可能来自不同的生物体，你要看清楚了你是要选择哪个种属的；然后最好是要选择氨基酸残基比较完整的，因为如果有缺损的话在某些软 件里面是不能识别的，或者对接的时候出错，然后蛋白的分辨率最好要高一点的，接着就是有复合物的晶体结构，也有单个蛋白的结构，如果你已有配体结合位点的 坐标值的话，你可以只选择单个蛋白的结构，当然一般是选择复合物，因为结合在活性位点的配体是可以在对接中用来定义活性位点位置的，比较方便，而且也贴近 真实。最后一般采用的是X-RAY衍射的吧……:handshake:

lmyiop 发表于 2009-4-17 21:25

首先对不 同来源的蛋白进行分类，一级序列以30%为准，立体结构可以用RMSD来评价，综合上述结果，把不同来源的蛋白分成一类或几类，如果有多类结构，则必须确 定哪类构象是活性构象，如果确定不了，就从每类中分别选取一个晶体结构进行对接，并求平均值。此外，分子动力学在靶点论证中也是必不可少的，如果蛋白活性 位点的构象易变，则此蛋白不宜进行对接计算。

Mr.White 发表于 2009-4-17 22:29

首先你可以在文献中查找你对接的大致区域，在smpdb里面把你需要的那一段蛋白结构截取下来，然后再定义活性区域来对接。不一定是从pbd中download才是最好的。

bio 发表于 2009-5-24 11:43

resolution 为首要标准，　同样或近似resolution的用lmyiop的分类法取代表结构，也有人用平均结构的．　总之，　晶体结构也未必放映真实结构，　还有人以晶体结构为基础，　MD 模拟后取各Phase结构作为代表．

futileflank 发表于 2009-5-25 16:19

做对接用的PDB文件最好是复合物，靶点选在配体结合区域，这样才更精确。