摩尼殿始建于北宋皇礻右 四年（1052年），大殿布局奇特，其正方形殿身的四面正中各出一山花向前的歇山式抱厦，使平面形成十字形。檐下斗拱宏大，分布疏朗；柱子用材粗大，有明显的卷刹、侧角和生起，与宋《营造法式》相近。我国古建筑专家梁思成先生称这种布局平时除去北京故宫紫禁城角楼外，只在宋画里见过。并特意将其拍照，编入《中国建筑史》。解放前由于年久失修，大殿梁架倾斜严重，1977年至1980年由国家文物局拨款对这座大殿进行了复原性修复。

石香炉为宋代雕制，由炉身、炉座两部分摞置而成，通高1.4米。炉身正面浮雕东方净琉璃世界教主药师佛，四周侍立药师12神将，手持宝杵、宝剑、宝棒等兵器，给人以威武勇猛，栩栩如生的感觉。寺庙中早期的香炉保存下来的并不多，此座以佛教题材为雕饰的宋代石香炉保存至今，更为罕见。

殿内佛坛上供奉五尊泥塑金装佛像，正中是佛祖释迦牟尼，他是佛教的创始人，与我国春秋时期的孔子是同时期人，本名为悉达多•乔达摩。原是迦毗罗卫国的太子，后为弄清人生真谛而出家悟道，创立佛教后，被人称为佛陀。左右两侧立像为释迦牟尼十大弟子中的其中两位。左侧的老者为迦叶，右侧的为阿难，两侧莲座上供奉的是文殊、普贤二菩萨。这五尊均都为宋代原塑，文殊、普贤在明代曾进行过修补。





摩尼殿内槽北壁为一座泥塑五彩悬山，悬山中现存塑像共30余身，其中最引人注目的是正中的五彩观音菩萨像，俗称“倒座观音”。因观音菩萨有“众生普渡不完，誓不回头”的誓言，而芸芸众生，永远普渡不完，故形成“倒座观音”形象。观音姿态优雅端庄，面容秀丽恬静，那双智慧深藏的眼睛微微俯视，恰与虔诚的礼佛者形成感情的交流。观音像原塑于北宋，明嘉靖四十二年（1563年）曾进行过修补。鲁迅先生非常欣赏这尊塑像，称赞她是“将神人格化”了，将她视若佛教美学的代表作而珍藏，至今仍陈放于北京阜城门内鲁迅故居的书案上，被视为最美的观音。





殿内各壁为佛教故事为题材的壁画，现存面积仍为422平方米。内槽东西扇面墙内壁绘“十二圆觉菩萨”和“八大菩萨”；四抱厦绘护法“二十四尊天”，其中东抱厦的“大悲尊天”、“鬼子母天”等保存较好；檐墙内壁生动地描绘了佛祖释迦牟尼降生、出家、苦行、成道、涅槃等整个过程，称“释氏源流”；东西扇面墙分别绘“西方胜境”和“东方净琉璃世界”。